培訓時間：2017年11月22-24日(周三至周五)
培訓地點：蘇州創騰科技培訓中心(江蘇省蘇州市工業園區東長路88號2.5產業園A2棟301室)
?培訓主旨：
計算機輔助藥物設計是在合理藥物設計探索中迅速發展起來的一種新藥研究與開發新技術，是藥物發現中不可或缺的重要手段和工具。計算機輔助藥物設計在合理藥物設計中，可進行藥物-靶點作用模型模擬、藥物活性構象分析、藥物構效關系分析、藥效團識別、藥物結構設計與改造、藥物成藥性分析，大大提高了藥物設計水平、速度和成功率，使得藥物設計從基于偶然性趨向于合理化。本次培訓班旨在幫助學員們學會借助Discovery Studio這一強大的計算機輔助藥物設計軟件進行合理的藥物設計。
?培訓對象：
從事藥物研發相關領域的科研工作者，有興趣想要借助Discovery Studio軟件來開展藥物設計工作的相關人員，希望能進一步系統掌握分子模擬技術、軟件使用技巧、能夠快速上機模擬操作相關課題的老師和同學。
?培訓內容：
本次培訓將會圍繞Discovery Studio軟件中多種經典的計算機輔助藥物設計技術展開介紹，具體包括：多種分子對接算法、全面的基于片段的藥物設計方案以及全方位的藥效團模型構建方法及應用策略、FEP自由能能微擾、分子動力學和拉伸分子動力學模擬等技術，探討如何選擇對接算法和打分函數，如何分析對接結果，如何選取不同的藥效團模型構建方法，如何選取構建藥效團的訓練集，如何改造優化先導化合物并且考慮可合成性，如何快速全面分析可能的潛在靶標，如何精細研究受體-配體互作及受體構象的變化等問題。同時，通過上機操作分享這些經典功能的參數設置技巧、結果分析方法等，從而幫助學員從理論到上機都能更系統地將這些技術學以致用。
?培訓形式：
• 通過文獻案例分析介紹每種藥物設計經典方法的應用，及相應功能模塊的原理介紹;
• 上機操作練習：講解每種設計方法過程中每一步驟的具體操作流程及參數設置(提供完整的培訓教程);
• 學員交流與討論，工程師進行現場答疑答疑。
?課程安排：
日期
時間
內容
第一天
8:00-9:00
報到和注冊
報到地點：蘇州創騰培訓中心
09:00-10:45
Discovery Studio基本界面
DS背景介紹，DS界面介紹，蛋白與小分子的預處理方法介紹與入門操作。
10:45-11:00
茶歇
11:00-12:00
藥物的虛擬篩選-分子對接LibDOCK
藥物虛篩流程的介紹，分子對接的核心與原理，蛋白活性位點定義方法，分子對接結果的分析，最優對接構象的選取方法，LibDOCK的原理等。
12:00-13:30
午餐
13:30-14:30
藥物的虛擬篩選-分子對接LibDOCK
LibDOCK參數設置技巧、實際操作技巧及結果分析。
14:30-14:45
茶歇
14:45-16:00
藥物的虛擬篩選-分子對接LigandFit
分子對接算法的選取方法，打分函數的選取方法，虛篩真陽性分子命中率的提高方法，LigandFit的原理及蛋白活性位點定義方法、參數設置技巧、實際操作技巧等。
16:00-17:15
蛋白-小分子作用機理研究-分子對接CDOCKER
關鍵氨基酸的識別與顯示方法，作用機理的解釋手段，CDOCKER原理介紹、參數設置技巧和實際操作技巧等。
17:15-18:00
課程討論及答疑
第二天
09:00-10:15
蛋白-小分子作用機理研究-分子對接Flexible Docking
對接過程中蛋白分子柔性的考慮方法，Flexible Docking原理介紹、參數設置技巧和實際操作技巧等。
10:15-10:30
茶歇
10:30-12:00
基于片段的藥物設計-LUDI/MCSS
全新藥物設計方法，分子的優化與改造方法，基于LUDI的虛擬篩選，LUDI的算法原理、參數設置技巧和實際操作技巧。
12:00-13:30
午餐
13:30-14:45
基于片段的藥物設計-Grow Scaffold/Replace Fragment
化合物改造的新方法，化合物電子等排體的替換方法，化合物片段生長的新方法，化合物骨架躍遷，參數設置技巧和實際操作技巧等。
14:45-15:45
FEP計算配體相對結合自由能
精確計算不同配體同受體的相對結合自由能，指導化合物的優化與改造。FEP計算原理、實際操作及結果分析。
15:45-16:00
茶歇
16:00-17:15
藥效團模型的構建及應用-定性藥效團模型的構建HipHop
經典的基于配體的藥物設計方法，訓練集分子的選取依據，藥效團模型的評價方法，基于藥效團的虛篩方法。Hiphop參數設置技巧、實際操作技巧及結果分析。
17:15-18:00
課程討論及答疑
第三天
09:00-10:30
藥效團模型的構建及應用-定量藥效團模型的構建HypoGen
經典的基于配體的藥物設計方法，訓練集分子的選取依據，藥效團模型的評價方法，基于藥效團的虛篩方法。HypoGen參數設置技巧、實際操作技巧及結果分析。
10:30-10:45
茶歇
10:45-12:00
藥效團模型的構建及應用-基于靶標結構的藥效團模型構建SBP
SBP方法的原理、實際操作方法。
12:00-13:30
午餐
13:30-14:45
藥效團模型的構建及應用-基于受體-配體復合物的藥效團模型構建CBP
基于藥效團模型數據庫PharmaDB的反向找靶
CBP方法的原理及操作，反向找靶的策略，藥效團模型數據庫的構建，基于藥效團反向找靶的結果分析，靶標的確認方法等。
14:45-15:30
化合物成藥性評價-ADMET性質的分析
ADMET計算報告的分析。
15:30-15:45
茶歇
15:45-17:15
分子動力學/拉伸分子動力學
MD/SMD基本原理與應用，溶劑模型的添加，束縛條件的設定，MD平衡狀態的判定，SMD力時間曲線的生成與分析，PMF的計算等。
17:15-18:00
課程討論及答疑
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?培訓班聯系人
創騰科技有限公司 市場部
電話：021-51821768轉219(葉小姐);021-51821768轉233(陳小姐)，13916858963
Email:market@neotrident.com
培訓網站:http://training.neotrident.com/
