DISCOVERY STUDIO 2022新版本！

　　傳遞新科學：

　　分子模擬對于建模和理解復雜的生物分子系統至關重要。Discovery Studio?的2022版本包括抗體-賦形劑相互作用預測，以增強生物療法的配方?；贐IOVIA Pipeline Pilot?, Discovery Studio?被定位為生命科學研究中全面的協作建模和仿真的應用程序。

　　DISCOVERY STUDIO 2022：

　　作為2022年BIOVIA產品發布系列的一部分，Discovery Studio 2022繼續提供生物治療、仿真和小分子研究領域的科學新進展。

　　新的和增強的功能：

　　新功能！輔料相互作用預測

　　(1) 一個新的Protocol，預測賦形劑相互作用，預測抗體配方中常見賦形劑與抗體表面殘基優先相互作用¹。

　　(2) 分子動力學模擬生成的支持向量機(Support Vector Machine)和彈性網絡(Elastic Net)機器學習模型，預測6種配方輔料的分子相互作用，包括山梨醇、蔗糖、海藻糖、脯氨酸、精氨酸·HCl和NaCl。

　　(3) 用Γ23值(優先相互作用系數)著色的蛋白質表面顯示局部賦形劑分子與局部水分子的相互作用。

　　(4) 與現有的聚合和粘度預測工具一起使用，使得配方設計能夠在開發過程的早期進行。

圖1：紅色的正值表示較高的Γ23值，對應于更多的局部賦形劑分子與抗體的相互作用，而藍色的負值對應于更多的局部水分子與抗體的相互作用。

　　新功能！描述符生成組件

　　(1) 計算蛋白質特征和序列描述符組件計算用于機器學習的基于結構和序列的描述符。

　　(2) 新的腳本API支持標準和專用功能計算，例如，特定殘留物類型的特定原子間距離。

　　增強功能！蛋白質建模

　　(1) 計算蛋白質配方屬性的protocol自動創建聚合位點和表面，以便使用View Aggregation Sites工具進行分析。

　　(2) Charge Map中的正電荷和負電荷區域可作為Site group操作。

　　(3) 添加到RCSB結構搜索Protocol中的配體子結構搜索查詢，以及RCSB服務器中的所有可用匹配類型。

圖2：查看聚合位點的詳細信息。

　　增強功能！增強模擬功能

　　(1) 減少了大型溶劑化系統模擬時的內存消耗。

　　(2) Assign Forcefield Protocol基于用戶RTF文件可用于RNA和DNA模板。

　　增強功能！增強的各種藥效團模型

　　(1) Interaction Pharmacophore Generation Protocol中支持的核酸。

　　(2) Interaction Pharmacophore Generation Protocol建立具有50個以上非鍵相互作用的受體-配體復合物的藥效團模型。

　　(3) Ligand Profiler protocol包括一個選項，可以在選擇匹配時化特征數量或化藥效團匹配。

　　(4) Screen Library protocol包括一個選項，即僅報告每個分子的擬合藥效團。

圖3：核酸相互作用藥效團。

　　增強功能！增強客戶端功能

　　(1) 根據URL訪問AlphaFold蛋白質結構數據庫。

　　(2) 根據每個殘基的置信度得分，從AlphaFold蛋白質結構數據庫中對蛋白質進行著色。

　　(3) 無需對齊，計算RMSD和相似性屬性。

　　(4) 無需使用服務器，分析報表。

圖4：AlphaFold蛋白質結構數據庫中的一種蛋白質，用每殘基置信度得分著色。

　　CHARMm：包含學術版CHARMm，版本c44b22。

　　NAMD：CPU和GPU，版本2.13。

　　MODELER：包含2022版本的學術版 MODELER，版本 9.243。

　　BLAST+：BLAST+版本2.10.1。

　　GOLD：支持2021GOLD。

　　兼容性：

　　Discovery Studio 2022基于BIOVIA Pipeline Pilot 2022構建。

　　REFERENCES：

　　(1) Cloutier T. K., Sudrik C., Mody N., Sathish H. A., Trout B. L., Molecular Pharmaceutics, 2020, 17, 3589-3599.

　　(2) Brooks B. R., Brooks III C. L., Mackerell A. D., Karplus M., et al, J. Comp. Chem., 2009, 30, 1545-1615.

　　(3) Eswar N., Marti-Renom M. A. Webb B., Madhusudhan M. S., Eramian D., Shen M., Pieper U., Sali A., Current Protocols in Bioinformatics, John Wiley & Sons, Inc., 2006, Supplement 15, 5.6.1-5.6.30.

　　公司簡介：

　　北京泰科博思科技有限公司（Beijing Tech-Box S&T Co. Ltd.）成立于2007年，是國內領先的分子模擬及虛擬仿真綜合解決方案提供商。

　　北京泰科博思科技有限公司與國際領先的模擬軟件廠商、開發團隊深入合作，為高校、科研院所和企業在材料、化工、藥物、環境、生命科學、人工智能及數據挖掘、虛擬仿真教學等領域提供專業的整體解決方案。用戶根據需要在我們的平臺上的進行各種模擬實驗指導實際的生產設計。

　　北京泰科博思科技有限公司擁有一支技術服務團隊和資深的專家咨詢團隊，以客戶真正需求出發，服務客戶，為客戶創造價值。我們秉承“職業、敬業、擔當、拼搏、合作”的企業精神，致力于用國際領先的軟件產品和專業全面的技術支持服務，成為客戶可信賴的合作伙伴。