1)恒溫
培養基冷卻后，可以將其放在10℃左右的冰箱中貯藏3～5周;在大批量生產中可以放在裝有空調的接種室內，擺放2周左右，溫度控制在20℃以內;若擺放時間為2～5d，溫度不超過28℃即可。但是在培養基擺放過程中溫度不應過高，同時還應避免溫度有較大幅度的變化，隨著貯藏室氣溫的升高或降低，裝有培養基容器內的空氣會跟著膨脹或縮小，帶來菌類進入培養基，造成貯藏期間培養基的大量污染。
2)定期更新
培養基不宜長期貯存，特別是固體培養基。隨著時間的推移，培養基里的水分以氣態選出，培養基的含水量便逐漸降低，使培養基的濃度和理化性狀發生改變，對以后的外植體培養或植株的繼代轉接及生根培養均不利;培養基貯存過長，空氣中夾雜的細菌、真菌也可能降落到培養基表面引起污染;當貯藏含有吲哚乙酸、椰乳等物質的培養基時，環境中的光線會使吲哚乙酸發生光解，也會使椰乳所含的一些成分發生變化。因此結合生產任務做好培養基的配制和使用計劃十分必要，一般情況下培養基貯存時間不應超過1周。
3)避光
備用培養基應貯于光線較暗的房子里面，因為吲哚乙酸等某些物質易見光分解。在光照下，一些培養基添加物的成分也會發生變化。在接種室里掛上較厚的窗簾或在培養基的箱子上加蓋厚的黑布，這樣可以使培養基免受光線的影響。
4)防塵
已經滅好菌的培養基要注意防塵。如果培養基在衛生條件差的地方貯存，依附在塵埃中的細菌、真菌等會落在培養瓶表面，使用前若不進行表面滅菌處理，在接種時就容易隨著氣流進入容器，使其受到污染，影響組織培養工作的順利進行，因此培養基必須放在干凈、衛生的接種室內。
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