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HYDRUS軟件介紹--水流和溶質運移模擬軟件
HYDRUS是一個運行于Windows系統下的環境模擬軟件，主要用于變量飽和多孔介質的水流和溶質運移。HYDRUS包括用于模擬變量飽和多孔介質下的水、熱和多溶質運移的二維和三維有限元計算，包括一個參數優化算法，用于各種土壤的水壓和溶質運移參數的逆向估計。該模型互動的圖形界面，可進行數據前處理、結構化和非結構化的有限元網格生成以及結果的圖形展示。
HYDRUS一共五個版本，用戶可以選擇最適合自己版本。用戶可以選擇局限于一般功能的二維應用(2D-Standard版本，與之前含有MeshGen-2D的Hydrus-2D功能一致)或者二維和三維應用(如3D-Standard或3D-Professional)。用戶也可以選擇相對簡單的(二維直角幾何圖形—3D-Lite,與之前不含MeshGen-2D的Hydrus-2D功能一致)或三維的幾何立體圖形–3D-Lite)或更復雜的幾何圖形(用于普通二維幾何圖形的2D-Standard或在二維基礎上以及分層三維的3D-Standard，以及用于普通三維幾何圖形的3D-Professional)。用戶也可以選擇從低版本升級到高版本。
標準計算模型
HYDRUS是模擬變量飽和多孔介質下的水、熱和多溶質二維和三維運動的有限元計算模型。HYDRUS數值求解飽和非飽和水流的Richards方程和熱傳遞和溶質運移的對流擴散型方程。
水流方程包含一個下沉期，可導致植物根系吸水。熱傳遞方程考慮了水流傳導和對流運動。對流擴散的溶質運移方程的管理是一個非常普遍的形式，包括固體和液態非線性非平衡反應的規定以及液體和氣體的線性平衡反應。因此，不管是吸附溶質還是揮發溶質(如殺蟲劑)都已經考慮到了。溶質運移方程還包括了零階生產的影響、其他溶質的獨立一級降解以及一階衰減和生產反應，以便提供連續一級鏈中溶質間所需的耦合。運移模擬也會引起液相對流和擴散、氣相擴散，因此次模型在液態和氣態條件下可同時模擬溶質運移。目前HYDRUS最多可考慮15種溶質，在單向鏈中耦合或溶質間獨立運移。物理非平衡溶質運移由雙區和雙重孔隙公式引起，并把液相分成移動和不可移動區域。附著和分離理論，包括過濾理論，病毒、膠質和細菌運移的模擬也包含在其中。
HYDRUS可用來分析水質和溶質在非飽和、部分飽和或是飽和多孔介質情況下的運動。HYDRUS可由不規則邊界處理水流區域，水流區域本身可能是由非均勻土壤組成具有局部各向異性任意程度。水流和運移可能發生在垂直面，也可能在水平面，具有徑向對稱性的垂直軸或三維區域。
模型的水流部分可以用來處理連續或時變的規定的方向和流量邊界，以及由氣象條件控制的邊界。土壤表面邊界條件在模擬從給定的流量到規定的方向類型條件期間可能會發生變化，反之亦然。它還可以通過水域飽和部分的剩余水量和不排水邊界條件處理自由面邊界。節點排水是由一個簡單的模擬實驗關系為代表。
對溶質運移來說，軟件既支持連續和變化的規定濃度(Dirichlet或first-type)也支持濃度通量邊界(Cauchy或third-type)。彌散張量包含分子擴散和曲折的結果反應影響。
不飽和土壤水文屬性是由以下理論總結出來的，1980年的vanGenuchten、1964年的Brooks和Corey、1994年的Durner、1995年的Kosugi和修正的vanGenuchten的型解析函數。這些修正內容對接近飽和狀態的水利屬性做了進一步的描述。HYDRUS軟件包含了由1983年Scottetal.以及1987年Kool和Parker引進的結合實證模擬的滯變。
這個模型假定干燥掃描曲線是從主要干燥曲線衍生而來的，濕潤掃描曲線是從主要濕潤曲線衍生而來的。HYDRUS還包括1991年的Lenhardetal.和1992年Lenhard和Parker的滯變模型，它通過跟蹤歷史逆轉點從而消除泵。HYDRUS在給定的土壤環境下可實行縮放過程已達到近似液壓變化，通過一組線性標度變化工具，涉及個別土壤水力特性與參考土壤的關系。
使用應用到三角元素網絡中的Galerkin的線性有限元方法來求解控制方程。飽和和不飽和的狀態是通過有限差分格式集成實現的。結果方程是以迭代方式求解的，通過線性化和隨后的高斯消元法對帶狀矩陣、對稱矩陣的共軛梯度法或不對稱矩陣正交極小化方法。額外的措施來提高瞬態問題的求解效率，包括自動時間步調整和確保Courant和Peclet數字不超過預設水平。使用1990年Celiaetal.提出的質量守恒法來評估水的含量。減少數值振蕩上行重量作為求解運移方程的選項包含在里面。
此外，HYDRUS可執行Marquardt-Levenberg類型參數估計技術為選定的土壤進行水力逆估計或溶質運移以及測量瞬態或穩態流和運移數據(僅在2D版本中)。此過程允許估計幾個未知的參數，如觀察到的水含量、壓頭、濃度或瞬時或累積邊界通量(如滲透或流出數據)。額外的保留或水力傳導率數據以及約束優化的參數補償函數，約束優化的參數保持在可行域(貝葉斯估計)，可包含在參數估計過程中。
一個新的模塊模擬地下水流人工濕地的生化轉化和降解過程，此模塊是為HYDRUS的二維應用開發的(2005年的Langergraber和Simunek，2009年的Langergraberetal)。
這個模塊認為大量的物理、化學和生物過程活躍在濕地，包括生物化學降解和轉化過程三組分的有機物質(易降解、慢慢可生物降解和惰性)，四氮的化合物(銨、亞硝酸鹽、硝酸鹽、和雙氮)、無機磷、異養和自養微生物,溶氧和/或硫，他們同時活躍而且相互影響。
附加模塊
UNSATCHem模塊主要是用來模擬運移和主要離子的反應。UNSATCHEM模塊模擬變飽和多孔介質中主要離子的運移(如鈣、鎂、鈉、鉀、SO4、碳酸氣和Cl)，包括主要離子平衡和非平衡化學反應動力學。生成的代碼可用于預測土壤在瞬變流動中的主要離子化學、水和溶質通量。
Wetlands模塊是用來模擬人工濕地反應的。人工濕地水處理系統的設計能優化自然環境中發現的處理過程。HYDRUS濕地模塊包括兩個biokinetic模型公式。而在原始濕地CW2D模塊中，考慮到了有機物、氮和磷需氧和缺氧的轉換和降解過程，以及對新的CWM1模塊中需氧、缺氧和厭氧過程的有機物，氮和硫的考慮。
DualPerm模塊(2.02版本及以上)用于模擬雙滲透多孔介質中二維可變飽和水運動和溶質運移，即優先和非平衡水分和溶質運移。
C-Ride模塊(2.02版本及以上)用于模擬經常發生的強烈吸附污染物的二維膠體的溶質運移，(如如重金屬、放射性核素、制藥、農藥、炸藥)，主要與固相關聯，通常認為它們是靜止不動的，但也可以吸附移動膠體粒子(例如微生物、腐殖物質、懸浮粘土顆粒和金屬氧化物),可以作為污染物的載體，從而為這些污染物提供一個快速的運移途徑。
HP2模塊(2.02版本及以上)綜合了HYDRUS(其二維部分)與PHREEQC地球化學代碼[1999年的Parkhurst和Appelo]開發了這個新綜合仿真工具(HP2—HYDRUS-PHREEQC-2D縮寫)，主要是區別于一個類似的一維模塊HP1。這個模塊可以考慮各種混合平衡/動力生物地球化學反應。
HYPAR是標準二維和三維HYDRUS計算模塊的并行版本。(h2d_calc.exe and h3d_calc.exe)
HYPAR使用并行計算工具和技術來有效利用多核以及多處理器計算機的優勢并且顯著加快耗時的模擬,尤其是那些需要大量的有限元素
Slope Classic附加模塊的目的主要用于堤防的穩定性檢查,水壩,削減地球和固定擋板結構。水的影響建模使用孔隙壓力的分布,這是進口自動從水蛇座指定時間的結果。每個時間步的水分布可以分別進行分析。
SLOPE Cube(Slope Stress and Stability)附件模塊是由科羅拉多礦業大學的Ning Lu博士合作開發的。它使用一個統一的有效應力方法飽和和不飽和的條件。這個模塊的目的是用來預測infiltration-induced滑坡啟動和開展variably-saturated土壤條件下的邊坡穩定性分析。
圖形用戶界面
一個基于微軟Windows圖形用戶界面(GUI)管理的運行HYDRUS的輸出需求，以及網格設計和編輯、參數配置、問題執行和結果可視化。HYDRUS還包括一組控件，允許用戶創建一個流和運移模型，并對運行中的圖形進行分析。使用空間和橫截面查看和線圖來檢查輸入和輸出。HYDRUS圖形用戶界面的主程序單元定義了系統整體的計算環境。這個主模塊控制程序的執行并確定哪些其他可選的工具是必要的。該模塊還包含一個項目管理器和兩個預處理和后處理單元。預處理單元包括所有必要的參數規格,如成功運行HYDRUSFORTRAN語言代碼、相對簡單的矩形和六面體傳輸域的網格生成器、用于非結構化有限元網格的復雜二維和三維域的網格生成器、一個小目錄的土壤水力屬性和從土壤結構數據的RosettaLite程序生成土壤水力屬性。
自動生成有限元網格
數據預處理涉及二維流動區域規范，具有任意形狀連續的折線、圓弧、樣條函數、域邊界的離散化和一個非結構化的有限元網格的下一個版本。HYDRUS(標準版)帶有一個可選的網格生成程序，Meshgen可以生成一個非結構化有限元網格的二維域。HYDRUS基于Delaunay推論，已經被無縫集成到HYDRUS環境里了。在沒有Meshgen程序的情況下，HYDRUSGUI提供了一個簡單、結構化網格的自動構建選項(Lite版本)。三維版本是在Lite和Standard版本下添加了指定的相同或不同厚度的層數。HYDRUS3D專業版有一個三維網格生成程序(GENEX和T3D)，為通用三維域生成非結構化有限元網格。
后處理
輸出圖形包括水含量、流速、濃度、溫度在空間或橫斷面視圖的2D等高線(等值線或彩色光譜)。圖形輸出還包括速度矢量圖、彩色邊緣、顏色的點、連續的時間步的圖形顯示和動畫以及選定的邊界或內部截面線圖。用戶可以將感興趣的區域縮放，橫截面視圖的垂直刻度也可以放大。網格還可以展示邊界和編號的三角形、邊緣和點。觀察點可以添加到網格的任何地方。網格和/或空間分布結果(壓力頭、水含量、速度、濃度和溫度)的視圖都使用高分辨率彩色或灰階值。界面還包括一個內容豐富的在線幫助菜單。
域和有限元網格區域
為了簡化復雜的運移幾何圖形的工作，這些圖形可以劃分為簡單的部分稱為Section.只有這些簡單的部分可以在視圖窗口中顯示,而剩下的部分被隱藏。一共有兩種類型的Section:基于幾何對象的和基于有限元網格的?？梢酝瑫r顯示多個section。使用各種命令可以切斷和隱藏不需要的運移區域部分。
最新系統需求
操作系統：WindowsXP/WindowsVista(32or64bit)/Windows7(32or64bit)/Windows8(32or64bit)
2GHzX86CPU
2MBRAM
10GB的硬盤空間，至少500MB的安裝空間
分辨率1024x768像素
推薦系統配置
使用HYDRUS3D的模型，推薦的系統配置為：
操作系統Windows7(32-bit或64-bit)
3GHz或更高的多核CPU
4GBRAM(64-bit系統8GB)
500GB硬盤空間
顯卡為OpenGL硬盤加速，分辨率為1600x1200
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