1. Wetland-2D模塊
Wetland模塊是用來模擬人工濕地反應的。人工濕地水處理系統的設計能優化自然環境中發現的處理過程。HYDRUS濕地模塊包括兩個biokinetic模型公式。而在原始濕地CW2D模塊中，考慮到了有機物、氮和磷需氧和缺氧的轉換和降解過程，以及對新的CWM1模塊中需氧、缺氧和厭氧過程的有機物，氮和硫的考慮。
2. UNSATCHem-2D模塊
主要是用來模擬運移和主要離子的反應。UNSATCHem模塊模擬變飽和多孔介質中主要離子的運移（如鈣、鎂、鈉、鉀、SO4、碳酸氣和Cl），包括主要離子平衡和非平衡化學反應動力學。生成的代碼可用于預測土壤在瞬變流動中的主要離子化學、水和溶質通量。
3. DualPerm-2D模塊（2.02版本及以上）
用于模擬雙滲透多孔介質中二維可變飽和水運動和溶質運移，即優先和非平衡水分和溶質運移。
4. C-Ride-2D模塊 （2.02版本以上）
用于模擬經常發生的強烈吸附污染物的二維膠體的溶質運移，（如重金屬、放射性核素、制藥、農藥、炸藥），主要與固相關聯，通常認為它們是靜止不動的，但也可以吸附移動膠體粒子（例如微生物、腐殖物質、懸浮粘土顆粒和金屬氧化物），可以作為污染物的載體，從而為這些污染物提供一個快速的運移途徑。
5. HP2模塊 （2.02版本及以上）
綜合了HYDRUS（其二維部分）與PHREEQC地球化學代碼【1999年的Parkhurst和Appelo】開發了這個新綜合仿真工具（HP2-HYDRUS-PHREEQC-2D縮寫），主要是區別于一個類似的一維模塊HP1。這個模塊可以考慮各種混合平衡/動力生物地球化學反應。
6. HYPAR模塊
是標準二維和三維HYDRUS計算模塊的并行版本.(h2d_calc.exe and h3d_calc.exe）HYPAR使用并行計算工具和技術來有效利用多核以及多處理器計算機的優勢并且顯著加快耗時的模擬，尤其是那些需要大量的有限元素。
7. Slope Classic模塊
Slope Classic附加模塊的目的主要用于堤防的穩定性檢查，水壩，削減地球和固定擋板結構。水的影響建模使用孔隙壓力的分布，這是進口自動從水蛇座指定時間的結果。每個時間步的水分布可以分別進行分析。
8. SLOPE Cube模塊
SLOPE Cube（Slope Stress and Stability）附件模塊是由科羅拉多礦業大學的Ning Lu博士合作開發的。它使用一個統一的有效應力方法飽和和不飽和的條件。這個模塊的目的是用來預測infiltation-induced滑坡啟動和開展variably-saturated土壤條件下的邊坡穩定性分析。
