對亍SYBR? Green染料法，最好在PCR擴增程序結束后，加一個熔解程序，來形成溶解曲線，判斷PCR產物的特異性。
評估qPCR反應的效果，一般從擴增效率、精確度以及靈敏度三個方面進行。
評估擴增效率，至少需要做3次平行重復以及5個數量級倍數(5 logs)連續梯度稀釋模板濃度。同時，PCR擴增效率也是決定反應靈敏度的關鍵因素。
標準偏差是最常用的精確度計量方法。許多數據點都靠近平均值，那么標準偏差就小;如果許多數據點都遠離平均值，則標準偏差就大。實際上，足夠多重復次數產生的數據組會形成大致的正態分布。
如果PCR反應效率是100%，那么2倍稀釋點之間的平均Ct值間隔應該恰為1個Ct值。要以99.7%的幾率分辯2倍稀釋濃度，標準偏差就必須小于0.167。標準偏差越大，分辨2倍稀釋的能力就越低。為了能夠在95%以上的情冴下分辨出2倍稀釋，標準偏差必須小于等亍0.250。
對于靈敏度，無論CT絕對值是多少，仸何能夠有效擴增和梱測起始模板拷貝數為1的系統都達到了靈敏度的極限。為了更可靠地梱測低拷貝，必須做大量的平行重復實驗來提供統計顯著性，幵兊服泊松分布的限制。
