經驗結論
1、如果PCR產物很短,200bp以內,那么用SYBR做Q-PCR沒有問題的話,可以用。
2、如果PCR產物比較長,那最好重新設計引物。
3、如果用TaqMan做Q-PCR,那很可能需要重新設計引物。這個一般產物都在100bp左右,太大了酶的外切效率太差。上海創賽科技提供0.5ml單管PCR管,平蓋,無DNA,RNA酶,商品編號:C81-PCR000500-1000只/包,價格248元。
4、如果RT-PCR引物的效率不好,SYBR會降低一點PCR效率,那會導致PCR無法擴增。也只能重新設計引物。上海創賽科技提供163795-75-3,SYBR Green1,熒光染料,BR ,商品編號:D23-RS1151-100微升,價格416元。
原因
1. 產物越短,相對而言,PCR效率越高。
而qPCR如果要Relative Quantification的話,使用ddCT方法的假設是100%PCR的效率。因此產物越長越偏離這個假設。定量越不準確。特別是當跟內參做比較,而內參的擴增效率不同。這樣就產生兩條不同的回歸線。而這兩條線由于效率不同而相交。導致在交點上下的時候定量相對關系發生改變,引起明顯的定量誤差。這個還是要小心的。即使絕對定量,PCR效率越高,反應就越敏感,曲線的動態范圍更大。也就是說可以定量的范圍更廣。因此一般不超過200bp。當然也確實有人做比較大的產物,但是一般不會這么推薦。
2. qPCR的目的是獲得熒光數據,而不是獲得PCR產物。
所以一般都以盡快完成PCR周期為目標。自然要盡量縮短每個周期的時間。如果產物太長自然要更多的延長時間。對qPCR來說實在沒有必要。
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