導讀
監測 SARS-CoV-2 病毒 Omicron 變體的譜系仍然是一個重要的健康考慮因素。世界衛生組織將 BA.1、BA.1.1 和最新的 BA.2 確定為最常見的亞系。日本Yamasoba 等人最近的一項研究（2022 年）, 是將這三個 Omicron 譜系與最新的 Delta 變體的可傳播性進行了比較。它確定 BA.2 具有四個中最高的可傳播性。該研究的預印本可在http://bioarxiv.org獲得。該研究的一個有趣方面是應用貝葉斯多層次模型來表示譜系生長動態。在這篇文章中，我演示了如何使用 Stata 的bayesmh和bayesstats命令來執行類似的分析。
數據集可在http://github.com上獲得。數據來自 GISAID 數據庫：https://www.gisaid.org/hcov19-variants/，2022 年 2 月 1 日。
在 2021 年 10 月 1 日至 2022 年 1 月 25 日的 117 天內，收集了 11 個國家的每個譜系病例數的觀察結果。
有些國家的數據不完整。特別是對于菲律賓，只有 43 天的數據可用，正如我們稍后將看到的，這會影響分析。
貝葉斯多級多項式模型
為了改進采樣，我阻止了一些參數并在后驗域內提供初始值。
該模型沒有明顯的收斂問題，超參數的平均采樣效率為 7%，效果不錯。
各國的相對有效再生產
根據后驗均值估計，BA.1.1 的繁殖率比 BA.1 高約 6%，BA.2 高約 39%，Delta 比 BA.1 低約 30%。這些結果與論文中的發現一致，即 BA.2 的有效繁殖能力是 BA.1 的 1.4 倍。
下面，我展示了按國家/地區劃分的相對有效繁殖數的圖。繪制的是后驗平均值以及 95% 的可信區間。
第一個圖將 BA.1.1 與 BA.1 進行比較。
除國家1 奧地利外，所有值均大于 1。同樣明顯的是，國家6 菲律賓的可信區間很寬，這可能是由于可用的觀測天數少得多，只有 43 天，而其他國家則為 110 天或更多。
第二個圖將 BA.2 與 BA.1 進行比較。
同樣，菲律賓的繁殖數量具有更高的可變性，并且傾向于使全國平均繁殖數量上移。
第三個圖將 Delta 與 BA.1 進行了比較。
正如我們所預料的那樣，所有的繁殖數都小于 1，菲律賓的繁殖數比其他國家的變異性更高。
敏感性分析
我還為隨機斜率擬合了一個具有正常先驗的模型。
從總結中可以明顯看出，再生數估計沒有實質性變化，這表明我們的初始模型對隨機斜率的先前規范是穩健的。
正如我們在上面看到的，由于樣本較小，菲律賓的再生數估計值具有很大的可變性。在將菲律賓從估計樣本中排除后，檢查這些估計值的變化是很有趣的。
現在 3 個相對繁殖數的后驗估計都接近 1。特別是 BA.2 與 BA.1.1 相比，后驗均值從 1.4 下降到 1.3，因此表明在傳播性。此外，BA.1.1 和 BA.2 的相對再現的 95% 可信區間現在包括 1。（Nikolay Balov）
參考
Yamasoba, D., I. Kimura, H. Nasser, Y. Morioka, N. Nao, J. Ito, K. Uriu, et al. 2022.Virological characteristics of SARS-CoV-2 BA.2 variant. https://doi.org/10.1101/2022.02.14.480335.
Stata軟件訂購：
如需訂購Stata V17最新版軟件，請聯系Stata中國授權經銷商及合作伙伴北京友萬信息科技有限公司（http://www.uone-tech.cn）。我司擁有強大的售后服務團隊，聚合國內一線Stata行業專家為客戶提供優質的技術支持服務，并幫助中國用戶建立完善的軟件服務體系。手機/微信：18610597626 郵箱：crystal@uone-tech.cn。
