南通大學不斷強化學科建設，優化學科建設體系，形成多學科相互支撐、協調發展、重點突出的學科布局，加強學科隊伍、科學研究、社會服務等內涵建設，全面提升學科建設總體水平，發揮學科建設在學校各方面工作中的帶頭引領作用。
強化組織領導，完善學科建設管理體制。學校發揮學科建設領導小組的規劃設計與宏觀領導作用，不斷完善二級學院黨政領導和學科帶頭人共同負責的管理體制，強化各職能部門對學科建設的組織管理與服務協調功能，滿足學科建設長遠發展需要。學校強化學科目標管理和績效考核，以四年為建設周期，制定建設計劃任務書，建立定期匯報制度，實現階段檢查與建設周期考核相結合、校內自評與校外三方評價相結合、學科內部縱向評價與外部橫向比較相結合，提升學科競爭力和水平。
強化基礎建設，夯實協同發展基礎。學校堅持“厚基礎、重研究”，給予數學、物理、化學等基礎學科持續穩定的支持，進一步夯實基礎學科實力，提升基礎研究水平，建立適應高水平大學建設需要的基礎學科體系，全面提升基礎理科培養拔尖創新人才的能力，為高峰學科建設的發展提供理論支撐和基礎保障。學校充分發揮綜合性大學的優勢，大力推動“醫—工—文—理”交叉，統籌布局“醫學+”“工學+”等若干個引領學科方向領域，不斷提升學校支撐地方經濟社會發展的能力。
強化目標引領，優化學科建設體系。學校立足學科傳統和發展基礎，按照“目標共訂、任務共建、責任共擔、資源共享、成果共認”的原則，構建學科群建設體系，合力打造高峰高原學科。學校依托學部制改革，理順各單位間內在關系和建設機制，進一步促進學科間的交叉融合，組織跨學院、跨學科的新型創新聯合體，明確發展定位和建設重點，分層次、有重點、全覆蓋構建學科發展體系，切實加強學科內涵建設。
