南京工業大學圍繞“雙一流”建設目標，出臺系列政策，探索以內涵建設、學科團隊建設、產學研融合、資源配置管理為主要內容的學科一體化建設模式，取得較好成效。
強化內涵建設。學校聚焦國民經濟和產業發展的實際需要，“靶向式”優化人才培養體系，新增數據科學與大數據技術、遙感科學與技術、智能制造工程、人工智能4個專業。同時，面向產業辦學，成立張家港產業學院、常州西太湖產業學院等，突出創新質量和貢獻增量，使技術轉為商品、科研形成產業。
打造高水平學科團隊。構建一體化引育機制，以學科適配為原則，實行“團隊+個人+柔性”分類化引才。構建一體化建設機制，注重“大師+團隊”“教學+科研”“基礎+應用”的一體化創新團隊建設，打破院系壁壘，實施以團隊為主體、以學科建設項目任務為目標的橫向管理模式。構建一體化評價機制，持續完善以實際貢獻為導向的管理、薪酬、成果認定、多元評價等機制。
深化產學研融合。學校與南京市地方政府合作，共同建設新型研發機構16個，推進“工大智谷”“工大硅巷”等新型研發機構建設，打造環南工大知識經濟圈；與連云港政府合作成立南工大連云港石化產業研究院，打通創新成果向產業轉化的“最后一公里”。鼓勵學科團隊成為行業企業的柔性創新團隊，化工學科成為高端化學品和“卡脖子”技術的策源地。
優化資源配置管理。學校實行學科經費管理一體化模式，推進業財融合和預算管理。將經費落實與工作任務相掛鉤，實現對學科建設的過程控制。深化“放管服”改革，優化內部治理結構，推進“學院辦大學”“學科辦大學”，形成學校層面重在全局研判和整合布局、部門層面重在績效管理和精準服務、學科層面重在理性規劃和穩步實施的學科管理體系。
