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Sequencher序列分析軟件
Sequencher是DNA序列集合和分析軟件。它可以和所有的自動序列分析儀一同工作，并且因為它的快速Contig組裝、友好的編輯工具，以及卓越的技術支持而眾所周知。Sequencher被生命科學研究者們應用于不同的DNA序列分析中，包括基因重組、突變檢測、法醫的人體辨別，以及分類學等等。
序列編輯
Sequencher為您提供了DNA序列編輯工具，它可以讓您知道一個序列是否是完全正確的。您可以按照1序列/次的速度查看色譜圖數據，或通過正向和反向觀察多種排列圖譜。
它能非常方便快捷的在您的匹配數據中滾動，您還可以通過Sequencher的選項工具來突出顯示有差異或低質量的區域。
序列整理
自動的DNA序列器偶爾會導致低質量的閱讀，尤其閱讀到靠近序列引物位點的和位于長序列末尾的位置。DNA庫的克隆序列一般包括了矢量序列、多聚腺苷尾巴或其他無關的序列?；騼葏^和引物序列經常位于擴大外顯子序列的側面。除非通過調整來刪除，否則這些偽像將使您的序列集和下級的序列分析變形。
Sequencher提供了使用簡單易用但功能強大的工具，它可以幫您刪除低質量或模糊的數據：
Trim Ends 可以從序列片段的末端刪除誤導性數據
Trim Vector可以刪掉破壞序列末尾的確切序列數據
Trim to Reference排除超出組合參考序列的末端。
優先執行調整命令，Sequencher顯示出建議整理的圖形表述，它可以進一步完善您的標準。
序列集合
Sequencher直觀的控制功能允許用戶設置自己的序列集合參數并在數秒內調整它們，同時允許用戶快速精確地組合DNA碎片。Sequencher會自動對比正向和反向補充取向來集合最有可能的重疊群，這樣您就可以在不考慮方向的情況下集合DNA序列。
Sequencher的萬能集合工具可以用于：
對比基因變異和參考序列
確定矢量結構
將病毒和細菌基因組集合起來
從cDNA庫中聚類成千上萬的序列數集群
將cDNA和基因組序列集合起來
創建初級地圖
支持置信值
Sequencher展示項目窗口，序列編輯器和序列的信息獲取窗口中的可信任的和總體信任的信息(如果它存在于您的DNA序列文件中)，這樣您可以非常輕松的監控您的數據質量。您甚至可以為您的置信值指定截止范圍，并通過彩色代碼查看這些變化范圍。
基因庫特征操作
Sequencher將 GenBank Features(基因庫特征)輸入到您的文件并且提供了許多管理，添加或者編輯特征的工具。您可以輸入Genbank Feature keys(基因庫特征密鑰)或標識您個人的特征。Define Feature Key Default Style定義特征默認形式用戶更愿意讓您設置自己的顏色和特征注釋，所以您可以從外含子中區分出內含子并找出序列錯誤。
SNP檢測
Sequencher有一些功能強大的工具幫您檢測DNA序列的變異和SNPs。您可以用Sequencher來比較一組序列中的序列校正，或者將1個或更多序列同參考序列比較。Sequencher的調用二級峰值功能分析了您所有序列的潛在異性合子。您可以非常容易地控制嚴格定義的異合子。
您可以從一個異合子移到下一個;只需要點擊Bases瀏覽處的空格鍵。瀏覽共有序列和參考序列的蛋白質轉換。參考序列保證了您的SNPs數量可以與下一個DNA集保持一致。
方差表
強大的SNP分析工具
現在有一個非常簡單的方法來比較DNA序列或重疊共有序列并找出這些序列的所有不同之處，這些指令只需要通過幾個按鍵就能完成。方差表使您可以從大量的序列數據中篩選出感興趣的內容。方差表中的每一個細胞都是同原始數據相連的，這樣您就可以直接在表格中輕易的驗證或編輯每個假定差異，并自動獲取序列和色譜圖數據。如果您發現了所有的差異，Sequencher為您提供多種輸入和輸出的選項。
轉化方差表
方差表的轉化總結了所有的已選樣本的氨基酸區別。因為這個表格同隱藏的序列數據相連的，它是一個理想的驗證變異工具，可以導致氨基酸轉化和檢查矢量的改變。
與方差表不同的是，它的展示不是同空白細胞結合而是和淺灰結合。您可以看到密碼子的不同并導致氨基酸的配對。您甚至可以看到兩個表的瀏覽模式，可以決定是否將DNA序列轉化成蛋白質序列。
限制圖譜
Sequencher提供了大量用來管理DNA序列線性規劃的圖譜工具。通過頻率、性質或已知序列的長度來過濾酶的選擇。您還可以區分特殊矢量和多接頭序列來設置您的克隆計劃。
自動分析
Sequencher批處理使用易懂的，用戶自定義的方法來處理您的DNA序列數據。并且Sequencher永遠不會損壞您的科學結論的有效性。Sequencher同樣為您提供序列編輯的最終選擇。
Sequencher是為您保存了兩種類型的數據備份，編輯過的和原始輸入數據。當您轉化實驗數據指令的時候您可以撤銷所有或一部分編輯。
通過命名工具集合使您可以選擇片段名稱的一部分來作為共享標識符或集合手柄。Sequencher可以自動選擇和命名重疊群。Sequencher甚至支持正則表達式并以此設置匹配的獨特IDs!
比如，通過點擊按鈕，您可以將90個文件，45對正向和反向序列，轉換至45個根據Patient IDs 命名的重疊群中。序列集合參數的改變會重新組合片段，您可以通過克隆ID、日期、引物或任何其他特征來記錄您的序列名稱。
名稱集合對處理大量序列來說是非常有幫助的。它的作用還包括：
對MHC進行序列處理并對線粒體基因進行認證和研究
PCR產品的候選基因分析
監測病毒基因組序列與跟蹤抗聯疫苗或抗病毒藥物
定制您的工作地點
您可以定義窗口默認的位置，而且Sequencher能記住格式和協調選項的設置。您還可以保存您的全部設置，包括作為項目模板的參考序列，還可以重復使用，以此節省分析設置的時間!
使用主題突出、定義的子序列
記住兩部分間的尺寸設定
為您的工作方式選擇最佳的窗口布局并保存它們
自定義您的項目窗口展示方式
報告
Sequencher最新輸出報告功能可以創建數據的打印形式。報告提供了一些分析工具，如人口報告的樣本集。
人口報告是方差表數據的獨特總結。每個人口報告都是由兩種表格組成，人口表格和個別的細節表格，這些細節表格對每一組都進行了描述。
方差細節報告提供了Sequencher所有已有信息來支持方差表格，如獨立方差報告中，總結表格列出了每個樣本或者縱隊中方差。而且，在方差細節報告里，一個細節表格是附屬在方差表格里的。表格的細節情況包括序列名稱、方位和任何數據的基本要求。如果存在置信或色譜圖數據，這些也應該包含在序列表格里。這些色譜圖數據包括二級頂點構成和達到每方差六個tracelets的色譜形象。
