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          如何使用Sequencher軟件查看DNA序列

          教育裝備采購網 2020-02-28 09:35 圍觀1469次

          如何使用Sequencher軟件查看DNA序列

          Sequencher是DNA序列分析的工業標準軟件。它可以和所有的自動序列分析儀一同工作,并且因為它的極速 Contig組裝、很短的學習曲線、用戶友好的編輯工具,以及卓越的技術支持而眾所周知。

          使用Sequencher軟件查看DNA序列

          使用Sequencher的方法步驟:

          A、查看峰圖或編輯

          1. 打開軟件

          2. 載入文件(abl格式)

          3. 雙擊打開文件,可見序列信息

          4. 點擊右上角的“show chromatogram”可見峰圖

          B、整合多個文件,存為一個文件:

          1. 打開文件

          2. 載入文件夾import

          3. 選中所有文件,點擊file下的export導出,選擇“selection as subproject”,彈出保存的對話框,命名保存文件并選擇格式(txt)。

          該txt文件可用clustal x打開,進行序列比對,保存為aln格式后,可以不用bioedit打開進行編輯修改。

          注:Sequencher軟件的主要功能為序列查看。序列比對可直接用MEGA操作,編輯更方便,比對時間稍短。

          Poly結構后雙峰問題:

          Poly A/T結構通常致其后的峰圖出現重疊峰,PolyG/C結構通常致其后的峰圖出現信號衰減。Poly結構是導致測序失敗常見的原因之一,目前還沒有非常有效的方法徹底解決Poly結構的影響,但一般而言,PCR樣品Poly結構后雙峰的概率非常高,而菌液中Poly結構對測序結果的影響較少或沒有。

          解決辦法:

          • 反向測序再拼接

          • 連接到載體后測序

          也有一些Poly結構對測序無影響。

          Sequencher通過將最新的經過同行評審的NGS算法從命令行帶入直觀的點擊界面,增強了臺式科學家的能力。無論是執行參考引導的比對,從頭組裝,變體調用或SNP分析,Sequencher都具有您需要的可用來獲得結果的工具。Sequencher集成了全面的Cufflinks套件,可對您的RNA-Seq數據進行深入的轉錄本分析和差異基因表達。Sequencher可以通過自定義圖和圖表輕松生成RNA-Seq數據的獨特可視化效果,從而在幾秒鐘內為您提供可隨時發布的圖形。

          點擊進入北京環中睿馳科技有限公司展臺查看更多 來源:教育裝備采購網 作者:北京環中睿馳科技有限公司 責任編輯:張肖 我要投稿
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