Sequencher是DNA序列分析的工業標準軟件。它可以和所有的自動序列分析儀一同工作，并且因為它的極速 Contig組裝、很短的學習曲線、用戶友好的編輯工具，以及卓越的技術支持而眾所周知。
使用Sequencher軟件查看DNA序列
使用Sequencher的方法步驟：
A、查看峰圖或編輯
打開軟件
載入文件（abl格式）
雙擊打開文件，可見序列信息
點擊右上角的“show chromatogram”可見峰圖
B、整合多個文件，存為一個文件：
打開文件
載入文件夾import
選中所有文件，點擊file下的export導出，選擇“selection as subproject”，彈出保存的對話框，命名保存文件并選擇格式（txt）。
該txt文件可用clustal x打開，進行序列比對，保存為aln格式后，可以不用bioedit打開進行編輯修改。
注：Sequencher軟件的主要功能為序列查看。序列比對可直接用MEGA操作，編輯更方便，比對時間稍短。
Poly結構后雙峰問題：
Poly A/T結構通常致其后的峰圖出現重疊峰，PolyG/C結構通常致其后的峰圖出現信號衰減。Poly結構是導致測序失敗最常見的原因之一，目前還沒有非常有效的方法徹底解決Poly結構的影響，但一般而言，PCR樣品Poly結構后雙峰的概率非常高，而菌液中Poly結構對測序結果的影響較少或沒有。
解決辦法：
反向測序再拼接
連接到載體后測序
也有一些Poly結構對測序無影響。
Sequencher通過將最新的經過同行評審的NGS算法從命令行帶入直觀的點擊界面，增強了臺式科學家的能力。無論是執行參考引導的比對，從頭組裝，變體調用或SNP分析，Sequencher都具有您需要的可用來獲得結果的工具。Sequencher集成了全面的Cufflinks套件，可對您的RNA-Seq數據進行深入的轉錄本分析和差異基因表達。Sequencher可以通過自定義圖和圖表輕松生成RNA-Seq數據的獨特可視化效果，從而在幾秒鐘內為您提供可隨時發布的圖形。
