長期以來，東南大學積極打造“課堂體育教學、課外體育活動、多種體育賽事、多樣體育文化、新型體育方法”五位一體體育教育工作模式，成效顯著，學校也連續八次被國家體育總局授予“全國群眾體育先進單位”榮譽稱號。
體育課程覆蓋各類學生。面向全體學生開設三種類型體育課程。對普通學生開設自主選擇上課時間、運動項目和教師的“三自課程”;對身體病弱的學生開設專門的保健體育課;為體育特長生開設專項提高課。在教學過程實行了教師與學生、體育課堂與網絡課程、課內與課外的“三互動”，切實提高課堂教學效果。
體育活動貫穿各個階段。一年級開展早鍛煉活動，培養新生體育鍛煉習慣;二年級開展涉及22個項目38個不同等級興趣類和技能類體育活動項目;三、四年級實施由院系體育老師負責考核的每周三次的課外活動和《國家學生體質健康標準》測試;面向研究生開展興趣類輕型體育培訓和快樂健身比賽活動。
體育賽事覆蓋各個時節。以校學生田徑運動會、校研究生輕運動會、各院系運動會等三大競技比賽為龍頭;以春季定向比賽、夏季啦啦操比賽、秋季拔河比賽和冬季萬人長跑比賽等四大趣味比賽為主體;以學生體育社團舉辦的“新生杯”和“院系杯”八大球類聯賽為輔助，形成了月月有安排、周周有比賽、年均20萬人次參與其中的體育運動競賽體系。
豐富校園體育文化氛圍。以體育名人進校園、體育文化節等形式推廣體育競技文化和普及體育運動知識。先后邀請著名排球教練郎平、知名籃球運動員胡衛東、資深足球評論員張路、武術世界冠軍李菲、美國體育科學院朱為模院士等來校交流;宣傳在校生郝運力奪倫敦奧運會獎牌的優秀事跡，開展陽光伙伴體育文化節等活動，傳播熱愛體育、崇尚運動、健康向上的體育文化，切實豐富校園文化氛圍。
創新體育工作方法。緊扣WEB2.0時代手機APP應用廣泛深入學生日常生活的特征，推廣“微健康”手機APP，通過測試并記錄心率來引導廣大學生積極參與“緊抓微時間、借助微工具、利用微空間、進行微運動、達到微健康”的“五微模式”體育鍛煉項目，使學生在輕松的氛圍中形成日常鍛煉習慣。
