作為全球最大的科學計算軟件提供商BIOVIA公司在生命科學領域的核心產品,Discovery Studio是一款應用于生命科學預測領域的綜合性分子模擬軟件,集成了目前分子模擬領域的各種經典、先進算法,通過用戶體驗友好的操作界面以及高質量的圖形顯示,在計算生物學和藥物設計領域都有著廣泛的應用。Discovery Studio構建于BIOVIA Pipeline Pilot之上,為研究隊伍的合作與信息共享提供了優秀的平臺。
Discovery Studio 2017 R2是Discovery Studio軟件的最新版本,由BIOVIA公司向全球正式發布。新版本的Discovery Studio在性能和效率上都得到了加強,并加入新方法,使其功能更加完善。
新特性簡介:
■ 與最新發布的BIOVIAPipeline Pilot 2017 R2相兼容;
■小分子設計:
•新!新增Generate Analog Conformations模塊,在給定以蛋白結合口袋為參照系具有明確3D幾何構象的先導化合物時,可獲得其同系化合物的3D幾何構象,且可采用in-situ MM-GBSA對配體結合進行打分排序;
•新!新增Set Up Relative FEP Calculation、Free Energy Perturpation (NAMD)、Analyze FEP Results模塊,可基于自由能微擾(FEP)精確預測配體相對結合自由能;
■抗體理性設計
• Model Full Length Antibody模塊支持雙特異性抗體全長結構的模建;
• Model Full Length Antibody模塊支持將抗體Fab區結構移植到抗體全長模板結構中以獲得更合適的起始結構進行抗體建模;
• Antibody Modeling Cascade模塊現支持將抗體Fab區模型嫁接到全長抗體結構模板中以獲得更準確的抗體全長結構模型;
• Loop Refinement模塊改進了looper算法,提高了loop區從頭預測的準確性;
■力場
• 完全支持CHARMM力場的補丁機制;
• charmm36力場的更新;
■客戶端
• 支持將分子以COLLAborative Design Activity (DAE)文件格式保存輸出;
■第三方程序的更新
• CHARMm 40b1
• MODELER 9v17
• DMol3 2017 R2
• NAMD 2.10
• 支持CCDC GOLD 5.5
■數據庫的更新
• Anitibody數據庫
• BLAST數據庫
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