原理不同：熒光定量PCR實時監測與DNA結合的熒光染料激發的熒光;普通pcr通過檢測插入dna中熒光染色劑來看是否有目的片段。
應要求：熒光定量對擴增片段有較高的要求，一般為100-300bp;普通PCR可以擴增長點的片段。熒光定量可以不進行電泳就對產物進行定量分析，普通PCR必須電泳。
結果：熒光定量可以實現精確定量，普通PCR則不行。熒光定量體現可以看到整個擴增過程，可以看到擴增效率，溶解溫度，直接得到的標準曲線等，這些是普通PCR無法實現的
RT-PCR有兩種：實時熒光定量PCR (Real-Time PCR)和反轉錄PCR(Reverse Transcription PCR)，都屬于Q-PCR (Quantitative PCR, 定量PCR)，以RNA或cDNA為模板，以cDNA序列設計引物，測量RNA水平的表達。
熒光定量PCR，加熒光，必需在定量PCR上做，一般片段較短(80-120bp)，有固定程序，可以根據對照精確計算不同樣品間的表達差異。
反轉錄PCR，不加熒光，一般的PCR儀即可，循環數在15-25之間，片段可選120-500bp，表達差異可以由跑電泳膠顯示。
Real-time PCR通常用的方法是SYBR Green，這種方法引物在RT-PCR的基礎上需要注意：
1.退火溫度同內參;
2.片段長度不要超過200;
real-time PCR的引物可以跑RT-PCR，反之不一定。
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