2009年，中科院決定與國家自然科學基金委員會共同設立“大科學裝置科學研究聯合基金” (簡稱聯合基金)，自掏腰包，3年共投入6000萬元，在全國范圍而不僅僅是中科院系統，支持基于大科學裝置的研究。如今，第一期聯合基金執行已近尾聲，雙方第二期的合作協議也于7月12日續簽，聯合基金由原來的4000萬元/年增加至6000萬元/年，執行期為2012—2014年。
聯合基金由中科院和基金委各出一半，所有項目按照科學基金“依靠專家、發揚民主、擇優支持、公正合理”的原則進行評審，也就是說，中科院相當于把每年幾千萬元經費的決定權交給了基金評審的專家。在自身已是大科學裝置的主要運行、管理方的情況下，中科院這么做是出于什么考慮?
詹文龍介紹說，為了充分發揮大科學裝置作為國家科技基礎設施的建設效益，中科院長期以來都在積極探索和實踐大科學裝置開放共享的運行模式和管理機制，包括設立開放經費、發揮裝置科技委員會與用戶委員會作用等。“不過限于支持體量、受眾范圍等諸多因素，大科學裝置的開放共享雖在不斷改善，但總體上仍有潛力可挖。”
他表示，設立聯合基金，可以利用基金委面向全國的申請受理平臺，依靠其項目評審體系和專家資源，以基金項目的形式，引導全國的科研人員將自己的研究工作與我國的大科學裝置密切結合，在充分發揮大科學裝置強大科研支撐能力的同時，一方面提升科學家的研究水平和創新能力，培養一批依托大科學裝置開展工作的研究隊伍，另一方面不斷更新和補充大科學裝置實驗終端的測試能力，持續增強其多學科研究支撐能力。
第一期聯合基金共3年(2009—2011年度)，經過全面論證，雙方選擇了北京正負電子對撞機、上海同步輻射光源、蘭州重離子研究裝置和合肥同步輻射光源4個裝置，面向全國受理項目申請。詹文龍介紹，選擇這4個裝置的原因是，它們都屬于具備多學科研究支撐能力的平臺型裝置。第二期聯合基金協議中，穩態強磁場實驗裝置也被納入其中，成為第5個依托裝置。
