通風柜的工作原理主要是通過風機系統使柜內形成負壓環境，從而有效排出有害氣體和顆粒物，保護操作人員和實驗環境安全，具體如下：
負壓形成
通風柜內部通過風機的抽力作用形成負壓狀態，使得柜內的氣壓低于外界環境氣壓。風機通常安裝在通風柜的頂部或底部，其足夠的抽力可以在室內末端通風柜的內腔中產生相對于房間氣壓為負壓的局部空間，這樣能有效防止有害氣體外溢，確保操作人員和實驗室環境的安全。
空氣流動
進氣：空氣從通風柜的前窗開口或其他進氣口進入柜內。前窗一般為透明玻璃或有機玻璃材質，可以上下移動，通過調節前窗高度可控制進氣量和氣流速度。
排氣：通風柜內產生的有害氣體、蒸氣和煙霧等在負壓的作用下，被迅速吸入通風柜上部的排風口，然后通過排風管被抽風機排出實驗室。
過濾凈化
部分通風柜配備空氣過濾器（HEPA）或活性炭過濾器等過濾系統。在空氣排出之前，先經過這些過濾器進行凈化處理，可進一步去除空氣中的微小塵埃顆粒、有機溶劑、酸堿氣體、微生物等有害物質，使排出的空氣更清潔，減少對環境的污染。
變風量控制
一些智能通風柜具有變風量控制系統，通風柜內的傳感器會實時測量室內的溫度、濕度、壓差以及污染物濃度等環境參數。智能控制器根據這些變化進行分析和處理，自動調節送風量和風機功率，以確保在滿足安全要求的同時，減少能源消耗。當污染物濃度升高時，控制器會增加送風量；反之則減少送風量。
