CodonCode Aligner是一款易于使用的程序，用于序列組裝、重疊群編輯和突變檢驗。CodonCode Aligner 11.0現已推出。
CodonCode Aligner 11.0的新增功能：
CodonCode Aligner 11.0版添加了Gibson Assembly、注釋通用功能、序列開始的自動同步等等。
Gibson Assembly
對虛擬Gibson Assembly的支持允許您使用至多15個片段來模擬克隆實驗。
載體、片段和產物序列可以顯示為線性或圓形圖，或在基礎水平上。使用多個簡單選項之一選擇要克隆的區域，例如單擊功能、反轉現有選擇、選擇酶、輸入堿基數或僅使用Shift鍵單擊。
視圖左側的工具欄按鈕包含用于更改顯示的圖譜、特征和酶的選項，例如僅顯示預定義的特征。
至多添加15個片段，并根據需要對其進行修改、排序或刪除。
根據您的Tm和重疊設置自動選擇理想引物。您還可以手動編輯引物，例如添加間隔物或根據需要調整讀碼框。
圖形概覽顯示您的載體、片段、引物和產品。
在克隆實驗期間，選擇直接導出引物和片段以及在CodonCode Aligner項目中創建哪些序列。
查找并注釋共同特征
對Aligner11中功能的更好支持包括檢驗和注釋質粒中常見特征的選項。設置特征的相似度百分比以查找并選擇要注釋的特征：
上面的示例顯示了查找和注釋具有至少95%同一性的共同特征之前和之后的向量。
同步啟動
同步循環序列起始位置的功能可以輕松排列和比較相似的樣本。下面的示例顯示了兩個向量，它們具有一些相似之處，但在同步開始之前和之后的開始位置不同：
如果您愿意，現在還可以手動設置起始基準，而不是使用自動同步功能。
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從GFF文件導入特征
設置循環序列的起點
更好地對齊圓形序列
導入近來的文件
