南京醫科大學堅持“建設高質量教育體系”為指引，全面推進教育教學理念、專業內涵、培養模式、發展機制、資源建設改革，以“五強化五提升”，打造一流本科專業群，構建新醫科人才培養高層次專業體系。
強化思想政治引領，提升本科專業立德樹人的定力。學校制定《南京醫科大學關于深化“三全育人”綜合改革的實施意見》《南京醫科大學思想政治工作質量提升工程實施方案》，并做好理論與實踐同向同行。
強化專業綜合改革，提升本科專業人才培養的能力。學校對標國家政策，加強專業內涵建設，調整新增智能醫學工程等10個本科專業。目前18個專業獲批國家級一流本科專業建設點、2個專業獲批省級一流本科專業建設點，已初步建成國家級一流專業、國家級特色專業、省級重點專業、省級一流專業相互支撐的高水平專業群。
強化本科核心地位，提升本科專業教育教學的合力。學校修訂完成新一輪全日制本科人才培養方案。明確樹立“以學生為中心、結果導向、持續改進”的教育教學理念；堅持“名醫名師”為本科生授課，加強過程性評價，全面推進“四個回歸”，即回歸常識、回歸本分、回歸初心、回歸夢想；以天元班等為引領，以點帶面實施教學改革。
強化教師發展激勵，提升本科專業教書育人的動力。學校完善教師培訓常態化制度，優化教師發展激勵機制。同步開展常規教學培訓和專項培訓，累計培訓4900余人次。
強化醫教協同，提升本科專業臨床教學的實力。學校不斷完善醫教協同育人機制，提升實踐教學基地育人水平。目前已建有國家級大學生校外實踐教育基地1個、國家臨床教學培訓示范中心1個、國家級實驗教學中心3個。開展附屬醫院、臨床醫學院和教學醫院認證工作，目前已有30余家醫院通過認證。
