古籍數字化在最開始只是文獻的掃描錄入，如今又不斷有檢索系統出現。其中一個很重要的問題是，如何將古籍整理的一些概念，如版本、?？睉眠M來。沒有注明版本的古籍文獻是無法為研究者所用的。另外，古籍數據化產生的一個弊病是：一些計算機技術非常熟稔的年輕人變得過于依賴電子文獻，而疏于閱讀。“應當在問題的引導下檢索資料，而問題從原始文獻中來。在古籍數據化的浪潮下，研究者應趨利避害。”
相對于古籍數字化的快速發展，有關古籍數字化出版物的法律法規還相對滯后，由此也不斷凸顯出一些新問題。學者認為，應當在立法上保障古籍數字化的發展。
古籍數字化工程浩大，其讀者與生產者之間、電子產品與紙質產品、古籍與數字化古籍之間涉及問題很多，而且會不斷產生新問題，如古籍的“文獻保真”和“文獻整理”的界定和處理原則;典籍已有的紙質產品的電子產品的著作權界定;如何體現數字化過程中古代典籍在知識產權保護中的特殊性等。這些新問題無成規可循，必須通過制定相關法規加以解決。
古籍數字化極大地方便了讀者閱覽古代文獻，但在古籍資源的利用上與傳統出版社產生了分歧。以“復原”古文原貌為目的的“古文點校”雖然可能包含獨創的智力成果，但基于事實和對事實的思想觀點不受保護等著作權法的基本原理，其并不能作為作品受到著作權法的保護。
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