(1)毛細管區帶電泳
毛細管區帶電泳法(Capillary Zone Electrophoresis，CZE)的分離是基于組分淌度的區別。一般毛細管內壁帶負電荷，電滲流從陽極移動至陰極，流出順序是陰離子<中性分子<陽離子。若毛細管內壁涂上一層陽離子表面吸附劑，則極性顛倒，流出順序是陽離子<中性分子<陰離子。
毛細管區帶電泳具有分離方便、快速、樣品用量小的特點，在無機離子、有機物、氨基酸、蛋白質及各種生物樣品的測試中有著廣泛的應用。
(2)膠束電動毛細管色譜
CZE 主要用于分析帶電荷的離子，對中性分子的測試主要是依靠電滲的作用，分離比較困難。此時可應用膠束電動毛細管色譜(Micellar Electrokinetic CapillaryChromatography, MECC )進行分離分析。MECC是在緩沖溶液中加入表面活性劑，當表面活性劑濃度超過臨界膠束濃度時，則形成荷電膠束。而當無膠束存在時，所有中性分子將同時到達檢測器，有膠束時帶負電荷的膠束在電場作用下向相反方向泳動，溶質分子在膠束和水相間形成平衡，在溶液的電滲流和膠束的電泳流的共同作用下分離。溶質分子在膠束內停留時間越長，其遷移所需時間即保留時間越長。
最常用的表面活性劑是十二烷基硫酸鈉(SDS)。各種陰陽離子表面活性劑和環糊精等添加劑使得本法有相當多的選擇余地，可廣泛用于各種類型的樣品，在手性分子的分離中也有成功的應用。上海創賽科技提供151-21-3，十二烷基硫酸鈉(SDS)，Sodium dodecyl sulfate ，AR，92.5-100.5%，商品編號：C16-S10436-500g，價格50元。
(3)毛細管凝膠電泳
毛細管凝膠電泳(Capillary Gel Electrophoresis, CGE)是在毛細管中填充具線狀纏結聚合物結構的物理凝膠，使樣品中各組分通過凈電荷差異和分子大小差異雙重機制得以分離。CGE在蛋白質、多肽、DNA序列分析中得到成功應用，已成為生命科學基礎和應用研究中有力的分析工具。
近年來，其他類型的毛細管電色譜法(Capillary Electro-Chromatography， CEC)發展很快。其中填充毛細管電色譜法是將細粒徑固定相填充在毛細管柱中，開管毛細管電色譜法是把固定相的官能團鍵合在毛細管內壁表面而形成的色譜柱。CEC 是很有前途的分析方法。
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