正相硅膠反相洗脫色譜儀對堿性藥物的保留主要是離子交換機理。在高PH值的條件下，硅膠表面弱酸性的硅羥基存在一定的離子化特征，硅膠在高PH值的情況下可作為陽離子交換劑。許多堿性化合物在高PH值(PH = 10)時也能部分質子化。非解離中性脂類和陰離子成分不被硅膠柱保留，在溶劑前沿被洗脫。只有在色譜條件下呈陽離子型的堿性胺類藥物可以很好地保留，排除了內源性雜質峰地干擾，從而選擇性地分析堿性藥物。正相硅膠反相洗脫色譜儀主要依堿性強弱出峰，色譜峰對稱性很好，峰形尖銳。
正相硅膠反相洗脫色譜儀不需反相高效液相色譜儀中復雜的處理手段，堿性藥物保留時間大大縮短，拖尾改善，峰形對稱，能同時分析極性范圍很大的一類藥物。
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