如何查找連續的mRNA、cDNA、蛋白序列
(以人類的IL6 為例)
1、進入NCBI 主頁:http://www.ncbi.nlm.nih.gov/在search 后面選擇Gene,在for 后面填寫需要查找的基因的名字。如圖所示:
點擊“Go”,出現以下界面:
出現了很多基因序列,在每個序列的右邊還有“Order cDNA clone” 的鏈接,這些序列中有些序列是跟你的目的基因同名的,有些是別名(Other Aliases)與你的目的基因一致,根據每個序列的介紹認真選擇你的目的基因。上圖中我需要的IL6 是標號為2 的序列。
2、查找cDNA 序列
點擊Order cDNA clone, 出現目的頁面如圖所示:
點擊Clone Sequence 后面的鏈接即可得到cDNA 序列。點擊后如圖所示(只抓取其中一部分):
3、查找mRNA、蛋白序列
回到步驟1 點擊“Go”之后出現的頁面,點擊目的基因的名字,出現以下頁面(只抓取相關部分):
頁面的下半部分,即可以獲取mRNA 和蛋白序列的部分:
找到“NCBI Reference Sequences (RefSeq)”,它分為幾個板塊,第一個“mRNA and Protein ”區可以讓我們找到連續的編碼mRNA 序列和蛋白序列。在mRNA and Protein下面有兩個序列代碼(中間劃有一個箭頭),這代表了mRNA 序列和蛋白序列。分別點擊就可以得到相應的序列頁面。點擊后如圖所示,mRNA 序列:
蛋白序列如下:
NCBI Reference Sequences (RefSeq)的第二個板塊是Reference assembly,它下面顯示的是Genomic ,點擊Genomic 下面Reference assembly 對應的Genbank 或FASTA 即可出現編碼的DNA 序列(注意:只是編碼序列,其中包括內含子,但一般沒有5‘非編碼區)。
這樣就可以找到基因的cDNA 序列、連續的編碼mRNA 序列、蛋白序列以及含有內含子的編碼DNA 序列了。
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