細胞凋亡時主要的生化特征是其染色質發生濃縮, 染色質DNA在核小體單位之間的連接處斷裂, 形成50~300kbp長的DNA大片段, 或180~200bp整數倍的寡核苷酸片段, 在凝膠電泳上表現為梯形電泳圖譜(DNA ladder)。細胞經處理后，采用常規方法分離提純DNA，進行瓊脂糖凝膠和溴化乙啶染色，在凋亡細胞群中可觀察到典型的DNA ladder。如果細胞量很少，還可在分離提純DNA后，用32P-ATP和脫氧核糖核苷酸末端轉移酶(TdT)使DNA標記，然后進行電泳和放射自顯影，觀察凋亡細胞中DNA ladder的形成。
1. 大分子染色體DNA片段的測定
細胞凋亡的早期,染色體斷裂成為50~300kbp長的DNA大片段。所有超過一定分子量大小的雙鏈DNA分子在瓊脂糖凝膠中的遷移速度相同。線性DNA的雙螺旋半徑超過凝膠半徑時，即達到分辨力的極限。此時凝膠不再按分子量的大小來篩分DNA，DNA像通過彎管一樣，以其一端指向電場一極而通過凝膠，這種遷移模式稱之為"爬行"。因此，細胞凋亡早期產生的50~300kbp長的DNA大片段不能用普通的瓊脂糖凝膠電泳來分離。通常采用脈沖電泳技術可圓滿地解決這一問題。這個方法是在凝膠上外加正交的交變脈沖電場。每當電場方向改變后，大的DNA分子便滯流在爬行管中，直至新的電場軸向重新定向后，才能繼續向前移動。DNA分子量越大，這種重排所需要的時間就越長。當DNA分子變換方向的時間小于電脈沖周期時，DNA就可以按其分子量大小分開。
2.DNA Ladder 測定
方法：
?、偈斋@細胞(1X107)沉淀;
?、诩毎呀庖海?3000rpm′5min， 收集上清;
?、?%SDS和RnaseA(5mg/ml)56°C， 2h;
?、艿鞍酌窴(2.5mg/ml)37°C，2h;上海創賽科技提供39450-01-6，蛋白酶K，Proteinase K，用于分子生物學，≥30 units/mg protein ,商品編號：C16-P10706-25mg，價格165元。
?、?/10體積3M醋酸鈉和2.5倍體積的冷無水乙醇沉淀DNA，4°C過夜?14000rpm′15min;上海創賽科技提供4418-26-2，脫氫醋酸鈉，99% ,商品編號：D16-1019891-100g，價格155元。
?、拮詈髮⒊恋砣芙庠赥E buffer中，加DNA Loading Buffer;
?、?.2%瓊脂糖凝膠電泳，EB染色并照相。
3.凋亡細胞DNA含量的流式細胞計分析
方法：
?、偈占毎?，70%冷乙醇(in PBS)4°C固定過夜，PBS洗滌;上海創賽科技提供重組人 RNase A，Ribonuclease A，RNASE1 蛋白 (His 標簽)，Ribonuclease, RNase A family, 1 (pancreatic) Protein,商品編號：C86-134-68-50ug，價格2210元。
?、?000rpm′10min RNase A(0.5mg/ml)37°C消化30min PI(50mg/ml)染色，室溫避光15min;上海創賽科技提供957054-30-7，GDC-0941GDC0941>98%,有效的PI3Kα/δ抑制劑 ,商品編號：C84-4843-10mg，價格931元。
?、跢ACScan分析DNA亞二倍體的形成及細胞周期的變化。
4. ApoAlertTM LM-pcr Ladder Assay (CLONTECH)
優點：敏感度高，適合于檢測少量樣本，小部分凋亡細胞。如臨床活組織檢測。
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