線粒體在細胞凋亡的過程中起著樞紐作用，多種細胞凋亡刺激因子均可誘導不同的細胞發生凋亡，而線粒體跨膜電位的下降，被認為是細胞凋亡級聯反應過程中最早發生的事件，它發生在細胞核凋亡特征(染色質濃縮、DNA斷裂)出現之前，一旦線粒體DYmt崩潰，則細胞凋亡不可逆轉。
線粒體跨膜電位的存在，使一些親脂性陽離子熒光染料如：
1.Rhodamine 123
2.3，3-Dihexyloxacarbocyanine iodide[DiOC6(3)]
3.Tetrechloro-tetraethylbenzimidazol carbocyanine iodide[JC-1]
4.Tetramethyl rhodamine methyl ester(TMRM)
可結合到線粒體基質，其熒光的增強或減弱說明線粒體內膜電負性的增高或降低。
方法
將正常培養的細胞和誘導凋亡的細胞加入使用終濃度為Rhodamine 123(1mM)或終濃度為DiOC6(25nM)，JC-1(1mM)，TMRM(100nM)，37°C平衡30min，流式細胞計檢測細胞的熒光強度。
注意事項
1.始終保持平衡染液中pH值的一致性，因為pH值的變化將影響膜電位。
2.與染料達到平衡的細胞懸液中如果含有蛋白，他們將與部分染料結合，降低染料的濃度，引起假去極化。
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