高等教育不像義務教育那樣強調均衡分布，但是，也應該保持相對均衡，有的省份有20多所教育部直屬高校，而有的人口近1億的省份卻一所都沒有，就不是很公平
“在我國三分之二的國土面積，三分之一的人口中，沒有教育部直屬的重點高等院校，這個狀況是不應該長期存在的，我知道這個問題13個省和自治區都在反映，但是長期得不到重視和解決”，馬瑞文還“強烈呼吁，國務院應該研究這個問題，給予解決”。
叢斌稱，“13個省區沒有重點大學，這可能還是個政治建設問題，五個自治區只有寧夏回族自治區不是邊疆，剩下那四個都是邊疆，邊疆穩，內陸才能穩，邊疆得有重點大學，可以促進邊疆的政治、文化、科技、教育等方面的建設。重點大學不要都擠在北京、上海。”
據教育部網站顯示，目前教育部直屬高等學校共有75所，分布在18個省市(港澳臺除外)。13個省份沒有教育部直屬高校，其中既包括河北、河南等人口大省，也有新疆、西藏、內蒙古、寧夏和廣西等少數民族自治區，還有山西、江西、海南、貴州、云南、青海。
在此之前，全國“兩會”上，以及各省和專家在不同場合的呼吁，均多次提及增加13個省份的教育部直屬高校。
廈門大學教育研究院院長劉海峰教授表示，在現有教育管理體系不發生較大改變之前，教育部直屬高校應分布在所有省份，屬于有利無弊的政策，應該及時改變觀念，必須意識到這是遲早要做的一件事，遲做不如早做。
教育部直屬高校與重點高校建設有諸多聯系，但并不等同。在2000年前后，高校管理體制大調整，基本形成中央部屬高校和地方省屬高校兩類，部屬高校是指中央部門單位直屬高等學校，共115所，其中教育部直屬75所。中央和省兩級政府管理體制形成，以省級政府管理為主。教育部直屬大學絕大多數都是“211”和“985”為代表的重點大學。
2000年前后的大學管理體制改革，原來由國務院部委所屬的高校大部分改由地方政府管理，少數院校劃入教育部。比如，1999年12月國務院頒布《關于進一步調整國務院部門(單位)所屬學校管理體制和布局結構的決定》，規定除教育部以及外交部、國家民委、公安部、中科院等少數單位繼續管理所屬學校外，國務院其他部門和單位不再直接管理學校，一些原來屬于其他部委主管的行業院校被劃轉為教育部直屬高校。
1998年到2000年，教育部直屬高校從44所快速增加到71所，基本奠定至今的格局。2003年，華北電力大學由原國家電力公司劃轉教育部管理，教育部直屬高校達到72所。從2005年開始，中國石油大學、中國地質大學、中國礦業大學兩地辦學制度形成，教育部直屬高校演變為75所。
劉海峰說，目前中國的部屬高校尤其是教育部直屬高校，分布極不均衡，且基本呈金字塔結構分布格局，表現出強烈的兩極分化態勢，優質高等教育資源集中分布在東部沿海發達省市，而中西部內陸省區則相當匱乏，大多處于中等偏下水平。
一旦高校成為教育部直屬，身份改變，除了中央財政的直接保障外，高校的地位和聲望會也會帶來較大提升。劉海峰說，教育部直屬高校每年都會召開一次工作咨詢委員會的全體會議，國務院主管領導以及教育部官員都會參加，對于高校交流以及開展今后工作部署等，會有很大不同。
以財政投入為例，根據2013年1月1日開始施行的《高等學校財務制度》規定，高等學校收入包括財政補助收入、事業收入、上級補助收入、附屬單位上繳收入和經營收入等。其中，財政補助收入和事業收入占據主要部分，教育部直屬高校往往更具優勢。比如，北京師范大學2016年財政撥款15.68億元，占公共預算收入的43.89%，接近一半。
在財政撥款中，教育撥款又占絕對比例。數據統計，2013年75所教育部直屬高校的教育撥款占總補助收入的88.69%。財政補助收入包括財政教育撥款、財政科研撥款，以及其他撥款。財政撥款主要采取“綜合定額加定向補助”方式，即以學校學生規模作為撥款重要指標。對于非教育部直屬的地方高校，生均撥款往往受到地方財力限制。
在劉海峰看來，13個省份增加教育部直屬高校，是高等教育均衡發展的內在要求。劉海峰說，高等教育不像義務教育那樣強調均衡分布，但是，也應該保持相對均衡，有的省份有二十多所教育部直屬高校，而有的人口近1億的省份卻一所都沒有，本來就不是很公平。
“比如，高考錄取采用分省定額方式，導致許多部屬高校在屬地與外地的招生比例相當懸殊。”劉海峰說，高考移民等不良現象就是教育不公平所帶來的后果之一，嚴重影響著高考資源的分配。另一方面，雖然教育部為解決高校招生區域不均衡的問題，采取了一系列舉措，包括省部共建地方高校，或者拿出東部更多的名額給西部地區等，但從實踐效果看，尚無法明顯縮小各省區之間的差異。
在劉海峰看來，現今的部屬高校極其類似于民國時期的國立大學，或者也可以說，民國時期的國立大學是現今部屬高校的前身。劉海峰曾統計，民國時期全國最多共設立過國立大學32所，其中北京3所，上海4所，江蘇、天津、浙江各2所，吉林、遼寧、湖北、山西、陜西、四川、廣西、廣東、湖南、江西、重慶、安徽、山東、河南、貴州、甘肅、福建、云南、臺灣各1所。雖然民國時期的國立大學在總量上不多，“但大部分省份至少有一所國立大學，且未出現明顯的兩極分化現象，這與民國政府較為注重高校區域分布是分不開的。”
“民國時期的云南大學、廣西大學、貴州大學都是國立大學，以前那么落后的地區都有國立大學，為什么現在反而不能辦到呢?”劉海峰還介紹，日本、韓國以及中國臺灣等地，也很重視高等教育在不同區域的相對均衡。
以中國臺灣地區為例，1995年，臺灣地區教育主管部門專門在南投縣建立了一所“國立暨南國際大學”。2010年又在戶籍人口不足10萬、實際人口僅5萬余人的金門縣設立了一所“國立金門大學”，也由“中央財政”投入。
劉海峰曾在多個場合呼吁教育部直屬高校分布所有省份，“目前條件已經成熟，就差‘一步之遙’。”近年來，國家層面推出“一省一校”政策等，對高等資源匱乏省份借助中央財政進行重點扶持，一方面，扶持帶動了部分省份部分院校的實力快速提升，另一方面，由于專項扶持往往有時間限制或者專項款到位等問題存在，各地也在呼吁重點扶持能夠常態化，即真正納入中央財政。
從財政來說，在全國財政性教育經費占GDP比例4%之后，劉海峰認為中央教育財政已經有相當的條件來擴大部屬高校，而且，即便有些地方院校規模過大，中央財政可能面臨一些壓力，也可以采用當初部分省份自費建設“211”的思路逐步過渡。
劉海峰建議，將教育部直屬高校設置到所有省區，具體實施可以有兩種辦法：第一，一步到位，一次性在13個省區全部設立。第二，在總體規劃下分期、分批設立教育部直屬高校，一些人口眾多已有“211”大學實力較強的省區先期設立，其他省區逐步設立。比如，由地方與中央分擔經費，逐步過渡到主要或全部由中央財政投入。再退一步，經費不足也可以只給政策，像過去有的自費“211”大學那樣，先給部屬高校“名分”，經費實際上還是由地方政府投入。
過于在意“名分”的高校管理是否符合教育規律?劉海峰認為，教育要尊重規律，不是不要“國立大學”或者國家投入，只是要科學管理和投入，均衡發展，而這恰恰是我們過去沒有做好的，是現在應該做的。“現在強調均衡發展，其實是一種補救、彌補，因為欠賬太多。”
2015年11月，國務院印發《統籌推進世界一流大學和一流學科建設總體方案》，“雙一流”建設提速，基于歷史和現實因素形成的不均衡高等教育格局，劉海峰建議更應該注重兼顧公平與效率。
