微生物分類
形態特征“
(1)個體形態 鏡檢細胞形狀、大小、排列，革蘭氏染色反應，運動性，鞭毛位置、數目，芽孢有無、形狀和部位，莢膜，細胞內含物;放線菌和真菌的菌絲結構，孢子絲、孢子囊或孢子穗的形狀和結構，孢子的形狀、大小、顏色及表面特征等。
培養特征
1)在固體培養基平板上的菌落(colony)和斜面上的菌苔(lawn)性狀(形狀、光澤、透明度、顏色、質地等);
2)在半固體培養基中穿刺接種培養的生長情況;
3)在液體培養基中混濁程度，液面有無菌膜、菌環，管底有無絮狀沉淀，培養液顏色等。
生理生化特征
(1)能量代謝 利用光能還是化學能;
(2)對氧氣的要求 專性好氧、微需氧、兼性厭氧及專性厭氧等;
(2)營養和代謝特性 所需碳源、氮源的種類，有無特殊營養需要，存在的酶的種類等。
生態習性
生長溫度，酸堿度，嗜鹽性，致病性，寄生、共生關系等。
血清學反應
用已知菌種、型或菌株制成抗血清，然后根據它們與待鑒定微生物是否發生特異性的血清學反應，來確定未知菌種、型或菌株。
噬菌反應
菌體的寄生有專一性，在有敏感菌的平板上產生噬菌斑，斑的形狀和大小可作為鑒定的依據;在液體培養中，噬菌體的侵染液由混濁變為澄清。噬菌體寄生的專業性有差別，寄生范圍廣的謂多價噬菌體，能侵染同一屬的多種細菌;單價噬菌體只侵染同一種的細菌;極端專業化的噬菌體甚至只對同一種菌的某一菌株有侵染力，故可尋找適當?；氖删w作為鑒定各種細菌的生物試劑。
細胞壁成分
革蘭氏陽性細菌的細胞壁含肽聚糖多，脂類少。革蘭陰性細菌與之相反。鏈霉菌屬(Streptomyces)的細胞壁含丙氨酸、谷氨酸、甘氨酸和2，6-氨基庚二酸，而含有阿拉伯糖是諾卡氏菌屬(Nocardia)的特征。霉菌細胞壁則主要含幾丁質。
紅外吸收光譜
利用紅外吸收譜技術測定微生物細胞的化學成分，了解微生物的化學性質，作為分類依據之一。
GC含量
生物遺傳的物質基礎是核酸，核酸組成上的異同反映生物之間的親緣關系。就一種生物的DNA來說，它的堿基排列順序是固定的。測定四種堿基中鳥嘌呤(G)和胞密啶(C)所占的摩爾百分比，就可了解各種微生物DNA分子不同源性程度。親緣關系接近的微生物，它們的G+G含量相同或近似的兩種微生物，不一定緊密相關，因為它們的DNA的四個堿基的排列順序不一定相同。
DNA雜合率
要判斷微生物之間的親緣關系，須比較它們的DNA的堿基順序，最常用的方法是DNA雜合法。其基本原理是DNA解鏈的可逆性和堿基配對的專一性。提取DNA并使之解鏈，再使互補的堿基重新配對結合成雙鏈。根據能生成雙鏈的情況，可測知雜合率。雜合率越高，表示兩個DNA之間堿基順序的相似越高，它們間的親緣關系也就越近。
核糖體核糖酸(rRNA )相關度
在DNA相關度低的菌株之間，rRNA同源性能顯示它們的親緣關系。Rrna-DNA分子雜交試驗可測定Rrna的相關度，揭示Rrna 的同源性。
rRNA的堿基順序
RNA的堿基順序由DNA轉錄來的，故完全具有相對應的關系。提取并分離細菌內標記的16SrRNA,以核糖核酸消化，可獲得各種寡核苷酸，測定這些寡核苷酸上的堿基順序，可作為細菌分類學的一種標記。
核糖體蛋白的組成分析
分離被測細菌的30S和50S核糖體蛋白亞單位，比較其中所含核糖體蛋白的種類及其含量，可將被鑒定的菌株分為若干類群，并繪制系統發生圖。
編輯本段微生物的分類系統這里僅簡述原核微生物和真核微生物的分綱體系。
原核生物界(Procaryotae)
(1) 光能營養原核生物門
?、?藍綠光合細菌綱(藍細菌類)
?、?紅色光合細菌綱
?、?綠色光合細菌綱
(2)化能營養原核生物門
?、?細菌綱
?、?立克次氏體綱
?、?柔膜體綱
?、?古細菌綱
真核微生物(Eucaryotic microbes)
真核策生物主要包括各類真菌，還有粘菌等。
真菌劃分各能分類單位的基本原則是以形態特征為主，生理生化、細胞化學和生態等特征為輔。絲狀真菌主要根據其孢子產生的方法和孢子本身的特征，以及培養特征來劃分各級的分類單位。一些病原真菌的鑒定，寄生和癥狀也可作為參考依據。真菌可分以下四綱：
?、?藻狀菌綱 菌絲體無分隔，含多個核。有性繁殖形成卵孢子或接合孢子。
?、?子囊菌綱 菌絲體有分隔，有性階段形成子囊孢子。
?、?擔子菌綱 菌絲體有分隔，有性階段形成擔孢子。
?、?半知菌綱 包括一切只發現無性世代未發現有性階段的真菌。
粘菌也可分為四綱，即
?、?網粘菌綱 自細胞兩端各自伸出長的粘絲并接連形成粘質的網絡——假原質團。
?、?集胞粘菌綱 分泌集胞粘菌素，形成假原質團。
?、?粘菌綱 形成原質團，腐生性自由生活。
?、?根腫病菌綱 形成原質團，專性寄生。亦有將之歸于真菌類。
