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          ChromasPro | DNA測序和分析軟件

          ChromasPro | DNA測序和分析軟件
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          • ChromasPro | DNA測序和分析軟件
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          ChromasPro
          DNA測序和分析軟件
          高教 職教
          詳細說明

          溫馨提示:需求數量不同,價格不同。請聯系我們,確認當前新的報價!

          ChromasPro用于將序列讀數組裝成contigs。有一個圖形contig編輯器,顯示對齊的色譜圖。它還可以進行一般的序列分析,如限制性酶圖譜、開放讀碼框搜索和BLAST提交。

          ChromasPro適用于高達幾兆的DNA序列組裝項目,以及基本的序列編輯和分析。它能夠組裝來自Sanger測序儀(如ABI)和454和Illumina下一代測序儀的數據,如果有8GB內存的話,至多可組裝1,000,000條序列。ChromasPro具有以下特點:

          • 以Applied Biosystems .ab1, Staden Chromatogram (SCF and ZTR), 454 SFF, FASTA, FASTQ, EMBL, GenBank, SwissProt, GenPept, GCG RSF和純文本格式打開序列。

          • 以.ab1、.scf、.fasta和.fastq格式保存序列。

          • 使用圖形界面組裝重疊的序列,生成共識,并突出顯示模棱兩可的地方供編輯。

          • 使用質量數據自動去除低質量的序列,以提高序列組裝。

          • 使用參考序列作為組裝的支架。

          • 生成限制性位點和片段圖,并列出切割、無切割和片段。

          • 在G+C框架圖的幫助下,繪制開放閱讀框架圖,并一鍵翻譯ORFs。

          • 打印色譜圖、限制性位點和片段圖以及開放閱讀框架圖。

          • 通過NCBI網站進行核苷酸和蛋白質BLAST搜索。

          • 通過與ClustalW對接進行多重比對。

          • 反轉和補充序列和色譜圖。

          • 通過準確匹配或optimal排列搜索序列。

          • 在編輯核苷酸序列時顯示翻譯。

          • 進行反向翻譯并繪制核苷酸退化圖。

          • 繪制蛋白質的親水性和抗原性。

          • 復制色譜圖部分的圖像,以便粘貼到文檔或演示文稿中。

          系統要求:

          與Windows 7sP1,8,10兼容

          【英文介紹】

          ChromasPro is for assembly of sequence reads into contigs, with a graphical contig editor which displays aligned chromatograms. It also peforms general sequence analysis such as restriction enzyme mapping, open-reading-frame searches, and BLAST submission.

          ChromasPro is suitable for DNA sequence assembly projects up to a few megabases, and basic sequence editing and analysis. It is able to assemble data from Sanger sequencers such as ABI, and 454 and Illumina next-generation sequencers, with up to 1,000,000 sequences if 8 Gb RAM is available. ChromasPro has the following features:

          • Open sequences in Applied Biosystems .ab1, Staden Chromatogram (SCF and ZTR), 454 SFF, FASTA, FASTQ, EMBL, GenBank, SwissProt, GenPept, GCG RSF and plain text formats.

          • Save sequences in .ab1, .scf, .fasta and .fastq formats.

          • Assemble overlapping sequences using a graphical interface, generate a consensus and highlight ambiguities for editing.

          • Use quality data to automatically remove low quality sequence for improved sequence assembly.

          • Use a reference sequence as a scaffold for assembly.

          • Generate restriction site and fragment maps, and list cutters, non-cutters and fragments.

          • Map open reading frames, aided by a G+C frame plot, and translate ORFs with one click.

          • Print chromatograms, restriction site and fragment maps, and open reading frame maps.

          • Perform nucleotide and protein BLAST searches through the NCBI web site.

          • Perform multiple alignments by interfacing with ClustalW.

          • Reverse & complement sequences and chromatograms.

          • Search for sequences by exact matching or optimal alignment.

          • Display translations when editing nucleotide sequences.

          • Perform reverse translations and plot nucleotide degeneracy.

          • Plot hydrophilicity and antigenicity of proteins.

          • Copy an image of a chromatogram section for pasting into documents or presentations.

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