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Beacon Designer是一個qPCR工具，用于為SYBR Green、TaqMan、HRMA、LNA spiked TaqMan、MethyLight TaqMan、molecular beacons、Scorpions和FRET分析設計和特異性寡核苷酸。
為全部主要qPCR檢測設計特異性和的寡核苷酸
通過自動解釋BLAST結果和避免模板結構，設計成功的SYBR Green、TaqMan 、HRMA Primes、MethyLight TaqMan、LNA spiked TaqMan、用于標準和NASBA分析、Scorpions和FRET分析的分子信標。
自動化您的實時PCR引物和探針設計
Beacon Designer自動設計實時引物和探針。分子生物學家都使用它來設計成功的實時PCR分析。它節省了失敗實驗所涉及的時間和金錢。Beacon Designer是一種靈活的解決方案，可滿足您的實時引物和探針設計需求，并且可以多次收回成本。
特定且的設計：Beacon Designer如何實現？
您可以從程序中BLAST搜索序列并搜索模板結構。在設計引物和探針時使用這兩種搜索的結果。在設計過程中會自動避開表現出顯著交叉同源性和模板結構的區域。
可用的設計選項
SYBR Green檢測設計
SYBR Green可能是常用的實時PCR試劑。Beacon Designer設計SYBR Green PCR引物并幫助您評估預先設計的SYBR Green PCR引物組。您可以控制設計參數，也可以使用經過大量研究和與專家溝通后選擇的默認值。您甚至可以為您的特定研究需求選擇自己的默認設計參數。
除了將引物定位在感興趣基因的任意位置之外，Beacon Designer還可以設計primers across exon-exon or exon-intron junctions的引物。這些across exon intron junctions設計的引物有助于從gDNA中選擇性擴增cDNA。
HRMA檢測設計
Beacon Designer為突變檢測提供解決方案。高分辨率熔解分析 (HRMA) 是一種比基于探針的基因分型分析更具成本效益的方法。該程序采用專有算法，可以設計用于檢測突變的理想引物。
高分辨率熔解分析引物設計在感興趣的突變兩側，以產生具有可檢測熔解溫度變化的短擴增子。引物設計避免模板二級結構，確保有效的引物延伸。設計的HRMA引物可以在NCBI的核苷酸數據庫中進行BLAST搜索，以檢查它們的特異性。也可以分析預先設計或發布的引物。
Dual Labeled Probe設計
Beacon Designer目前支持四種基于探針的化學物質：
TaqMan Probes
使用Beacon Designer獲得理想TaqMan probes，幫助您使用TaqMan SNP基因分型分析研究差異基因表達或研究SNP（單核苷酸多態性）。您還可以選擇設計Locked Nucleic Acid (LNA) 替代TaqMan probes，它比標準TaqMan probes更穩定。為了研究DNA甲基化，Beacon Designer幫助設計用于MethyLight檢測的引物和TaqMan probes。MethyLight是一種用于區分甲基化和非甲基化DNA的高通量檢測方法。使用Beacon Designer，您可以通過為甲基化和非甲基化鏈以及未處理的DNA序列設計寡核苷酸來設計合適的對照引物和探針。使用這些化學試劑中的任意一種，您都可以評估預先設計/已發布的引物或TaqMan probes。設計結果按排名順序報告，為您提供可供選擇的備選方案列表。根據寡核苷酸的性質，指定等級。
Molecular Beacons
設計或評估用于NASBA檢測的標準分子信標或分子信標。NASBA是一種依賴引物的技術，可用于在一個溫度下對單一混合物中的核酸進行連續擴增。你現在可以設計用于NASBA檢測的分子信標，用于單一模板或多重反應。
Scorpions
Beacon Designer支持Scorpions引物和探針的設計。Scorpions分析很關鍵，因為它們獨立于探針的酶切割。引物和探針元件在反應過程中物理耦合。
FRET Probes
Beacon Designer支持預先設計的FRET probes的設計和評估?？梢栽贐eacon Designer中設計與預先設計的SYBR Green引物兼容的FRET probes。
多重實時PCR檢測
使用Beacon Designer，您可以設計基于TaqMan的多重實時PCR分析，用于多達五個序列，包括參考基因選擇。
Beacon Designer特征：
SYBR Green Primer Design
為SYBR Green PCR分析設計優化的引物。
Beacon Designer通過BLAST搜索序列設計高度特異性的SYBR Green引物，自動解釋結果，然后通過避免顯著同源區域設計SYBR Green引物。
設計的SYBR Green引物可針對NCBI提供的基因組數據庫進行BLAST搜索。這有助于驗證SYBR Green引物設計并可視化引物和擴增子的特異性。
Beacon Designer識別模板結構，然后在設計SYBR Green引物時自動避開它們。
在“序列視圖”窗格中以圖形方式顯示序列的同源區域和二級結構。此功能有助于可視化設計的寡核苷酸相對于兩個區域的位置。
評估預先設計的引物并為給定的有義或反義引物設計兼容的引物。然后，它繼續設計理想的雙標記探針，以與經過充分驗證的 SYBR Green引物一起使用。
對于SNP基因分型研究，設計SYBR Green引物，使SNP位點位于或靠近3'末端位置。
使用nearest neighbor熱力學算法計算SYBR Green Primer Tm。以排序的順序呈現設計結果。
篩選SYBR Green primers的熱力學特性和二級結構。
避免與全部其他引物同源，以減少多重反應中的引物二聚體。
TaqMan Probe設計
設計不含二聚體、重復和運行的理想TaqMan probes，以確保信號保真度。
設計用于SNP基因分型分析的SNP鑒定的野生和突變TaqMan probes可以評估預先設計的引物組并設計兼容的TaqMan probes。
同樣，可以評估預先設計的TaqMan probes并設計兼容的引物。您甚至可以導入在SYBR Green引物設計模式中設計的引物并設計兼容的探針。
顯示TaqMan probes二級結構的圖形視圖。
Beacon Designer可以設計LNA probes。LNA取代的TaqMan probes是較短的probes，并具有賦予更高穩定性的LNA堿基。您可以指定您想要probes中包含的LNA堿基數量。您還可以在probes的每一端指定它們的位置和LNA自由區域，以設計LNA spiked TaqMan probes。
多重實時PCR分析設計
Beacon Designer使用專有算法為單管多重檢測設計理想引物probe sets。
TaqMan設計模式支持多重檢測。您至多可以復用五個序列。
支持標準化的參考基因或管家基因。
HRMA Primer設計
設計突變側翼HRMA引物，使它們產生盡可能短的擴增子，用于突變檢測。
該程序識別模板結構，然后在設計HRMA引物時自動避開它們，從而提高PCR效率。
Beacon Designer檢查設計引物的Tm、GC%和其他參數。只報告滿足高分辨率熔解分析全部參數的引物。
Beacon Designer顯示野生和突變擴增子的序列特性以及它們的解鏈溫度。
有助于驗證引物BLAST設計的引物的特異性。
評估預先設計的經過驗證的引物，并為給定的有義或反義HRMA引物設計兼容的引物。
MethyLight TaqMan設計
Beacon Designer根據Gardiner-Garden和Frommer指南預測CpG islands。您還可以在序列中手動指定CpG區域。CpG islands在序列視圖選項卡中以綠色顯示，富含GC的區域以紅色顯示。
Beacon Designer為指定的CpG islands設計TaqMan probes和甲基敏感PCR引物。您還可以為未甲基化和未處理的DNA序列設計合適的對照引物和探針，用于MethyLight檢測。
Beacon Designer設計的引物和TaqMan probes具有高度特異性，因為它們的設計避免了通過自動解釋BLAST搜索結果識別的顯著交叉同源區域?？梢愿鶕恍曰騟值或兩者過濾要避免的同源區域，e值的默認值為0，同一性的默認值為100。
MethyLight分析包括亞硫酸氫鈉處理基因組DNA，然后進行堿處理。當提供基因序列時，Beacon Designer會顯示相應的亞硫酸氫鹽處理鏈。
Molecular Beacon設計
自動選擇適當長度的桿以獲得理想信標Tm。
設計沒有二聚體、重復和運行的信標，以提高信號強度。
檢查分子信標與全部引物的交叉同源性，防止多重反應中的競爭。
設計用于檢測野生和突變等位基因的分子信標。
可以評估預先設計的引物組或構建用于預先設計的分子探針的引物。類似地，可以評估預先設計的信標或可以為預先設計的引物組設計信標。這有助于使用SYBR Green引物進行信標檢測。
以圖形方式顯示設計的信標及其屬性。
NASBA分析設計
Beacon Designer可以為NASBA分析設計分子信標，用于單模板、多重或SNP基因分型分析。
Beacon Designer評估用于NASBA檢測的預先設計的引物和探針。在評估引物時，Beacon Designer會在必要時自動將purine tag添加到P1引物序列中。
FRET Probe設計
Optimal FRET Probe：設計不含二聚體、重復和運行的Optimal FRET Probe，以確保信號保真度。
等位基因鑒定：設計用于檢測野生和突變等位基因的FRET probes。
評估預先設計的FRET檢測：可以評估預先設計的引物組或構建預先設計的探針的引物。您甚至可以導入在SYBR Green引物設計模式中設計的引物。
圖形視圖：以圖形方式顯示設計的FRET probes及其屬性。
Scorpions設計
Beacon Designer支持Scorpions化學，用于實時檢測目標序列。
Beacon Designer設計的Scorpions引物不含二聚體、運行、重復，并具有用戶指定的熔解溫度范圍。
Beacon Designer會自動選擇合適長度的桿以獲得optimal Scorpions Tm。
您可以通過避免目標序列與基因組具有顯著的交叉同源性以及避免模板上易折疊的區域來設計特定的Scorpions引物。
Beacon Designer以圖形方式顯示Scorpions的替代結構及其屬性。
使用Beacon Designer，您還可以評估預先設計的Scorpions檢測。
避免交叉同源性——針對特定的寡核苷酸設計
Beacon Designer解釋BLAST搜索結果并避開與數據庫序列具有顯著同源性的區域。
在“序列視圖”窗格中以圖形方式顯示序列的同源區域，以幫助可視化引物和探針相對于它們的位置。
寡核苷酸與靶標以外的序列區域結合會導致錯誤啟動和假陽性信號。
建議您在執行引物-探針搜索之前運行BLAST搜索以提高其效率。
您可以選擇要進行BLAST搜索的基因組類別、匹配的E值（默認設置為10）、是否要對查詢序列應用過濾器（以屏蔽重復和低復雜度區域）以及輸出報告的格式。
在設計寡核苷酸時要避免的同源區域可以根據報告的命中的身份或e值或兩者來選擇。
您可以針對基因組對引物/探針或擴增子進行BLAST搜索，以驗證設計的特異性。
對于處理機密數據或沒有快速互聯網連接的研究人員，Beacon Designer可以解釋來自本地數據庫的BLAST結果。
您可以使用NCBI的WWW Standalone BLAST工具在裝有Unix/Mac OS X的服務器上安裝本地自定義數據庫。
您還可以在自己的機器上設置本地序列/基因組數據庫。此選項顯示為“Desktop BLAST”。Desktop BLAST易于配置和使用。
避免模板結構—提高引物效率
由于在延伸溫度下存在模板結構，引物延伸可能會受到阻礙。
為了避免模板可能自行折疊的全部此類區域，Beacon Designer會進行模板結構搜索。
您還可以指定要折疊模板的溫度。
結果會被自動解釋，并且在設計引物時會避開這些區域。
模板結構以圖形方式顯示在“序列視圖”窗格中，以幫助進行視覺檢查。涉及的堿基用橙色下劃線。
寡核苷酸評級
Beacon Designer根據其設計的全部引物和探針與為引物和探針搜索指定的目標值的匹配程度來評估它們。
您可以為每個參數指定一個容差范圍。Beacon Designer不報告超出此標準的寡核苷酸。
當Beacon Designer找到全部參數都符合指定值的寡核苷酸時，它的評分為100。如果全部參數都在其公差范圍內，則寡核苷酸等級為0。
評級是一個質量指標，在其應用中是主觀的。然而，這并不意味著評級較高的寡核苷酸總是優于評級較低的寡核苷酸，或者永遠不應選擇評級較差的寡核苷酸。
系統要求：
| 對于Windows | 需要 | 推薦 |
| CPU | Pentium IV 1.80 GHz | Intel Core i3 (3rdGen) |
| RAM | 1GB可用RAM | 2GB或更高的可用RAM |
| 硬盤空間 | 500MB可用硬盤 | 1GB可用硬盤 |
| 屏幕分辨率 | 800×600 | 1024×768 |
Windows支持的平臺：XP/Vista/Windows 7/Windows 8/Windows 10
