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SimLipid是一種高通量脂質鑒定和定量軟件。它可以處理來自數百個LC-MS和MS/MS實驗運行的原始數據，用于LC峰檢測、峰拾取、分子特征發現和保留時間校準。原始數據或峰列表（包含已處理的LC-MS數據的數據集）可以進行MS和MS/MS數據庫搜索以進行結構解析，即使在批處理的模式下也是如此。專有的評分機制可區分每次MS/MS掃描的等壓候選結構。
SimLipid特點：
強的脂質結構數據庫
SimLipld數據庫是一個可擴展的關系數據庫，包含9種脂質類別，即Carnitines, Fatty acyls, Glycerolipids, Glycerophospholipids, Polyketides, Prenols, Saccharolipids, Sphingolipids和Sterols。該數據庫存儲了40,312種脂質和15,08,293種結構特定的MS/MS特征離子。除此之外，該數據庫還存儲了5227個前體掃描和中性損失掃描三重四極桿質譜法的轉換，分別對應于glycerophospholipids, glycerolipids, 和sphingolipids的1,179、393和221個特有的脂肪?；?。
用戶可以創建自定義數據庫*來存儲精選脂質以及保留時間和漂移時間。創建自定義數據庫后，可以使用保留時間和漂移時間容差作為初始搜索謂詞來執行用于脂質結構鑒定的MS和MS/MS數據庫搜索。此功能便于用戶創建LC-MS或Ion Mobility-MS模板；從而使他們能夠利用LC-MS和IMS技術進行研究。
其他數據庫鏈接包括Kyoto Encyclopedia of Genes and Genomes (KEGG)、人類代謝組數據庫（HMDB）、生物感興趣的化學實體（CEBI）、PubChem物質數據庫、LIPIDBANK和LIPIDAT。數據庫不斷更新。
圖1：SimLipid數據庫的示意圖
請注意：* 該功能在程序的企業版中可用
項目管理和數據可視化
SimLipid提供項目管理，將脂質分析結果與輸入配置文件和搜索參數相關聯。您可以創建任意數量的項目。您還可以批量導入數百個原始數據文件。來自實驗性MS運行的原始數據：總離子色譜圖、已鑒定的脂質、MS或MS/MS光譜，以及它們相應的數據庫信息都顯示在一個工作臺中。
圖 2：SimLipid軟件的典型圖形用戶界面：一個單一的工作臺，使您能夠可視化LC-MS、ESI-MS、MALDI-MS實驗掃描的原始數據、執行數據庫搜索后的結果以及已識別的相應信息脂質。
SimLipid提供以下附加功能：
1. 對應于指定保留時間窗口和/或前體m/z范圍的平均MS和MS/MS掃描。
2. 根據支持的文件格式的前體離子 m/z、電荷狀態、保留時間、強度和漂移時間對加載的數據集進行排序。
3. 識別脂質的掃描/光譜用顏色編碼，旁邊顯示已識別脂質的名稱/縮寫/分子式。
4. 查看目標m/z的提取離子色譜圖。
高通量MS脂質搜索
SimLipid通過針對SimLipid數據庫中Carnitines, Fatty acyls, Glycerolipids, Glycerophospholipids, Polyketides, Prenols, Saccharolipids, Sphingolipids和Sterols的已知脂質結構搜索脂質前體離子，從多個MS峰列表數據中實現高通量脂質分析。用戶可以對誤差容限小于或等于50ppm或2000milliDalton(mDa)的高分辨率數據執行MS脂質搜索。SimLipid支持正離子模式下的[M+H]、[M+NH4]、[M+Na]、[M+C5H12N]、[M+Li]離子和[M-H]、[M+AcO]、[M +Cl]、[M-CH3]、[M+OAcO]和[M+HCOO]在負離子模式下。用戶還可以從MS脂質譜觸發產物離子數據分析?？梢允褂煤蜻x脂質種類的產物離子數據來驗證對應于前體m/z的輪廓脂質。用戶可以從預定義的m/z值和相應離子種類列表中導入已包含在高通量搜索中的前體m/z值的離子種類。這有助于在可變離子模式和不同的加合物中進行MS/MS搜索。有多個選項可用于根據保留時間、前體m/z和強度選擇要包含在批次運行中的MS和MS/MS配置文件。
使用MS/MS和MSE數據進行高通量脂質結構解析
SimLipid支持使用來自Carnitines, Fatty acyls, Glycerolipids, Glycerophospholipids, Polyketides, Prenols, Saccharolipids, Sphingolipids和Sterols的MS/MS和MSE光譜的前體和產物離子m/z數據對脂質進行結構解析。已識別的脂質根據一種排序算法進行評分，該算法表明理論脂質與實驗數據的相對接近程度?？梢苑治鼍哂?.001-50ppm和0.1到2,000milliDalton (mDa) 之間誤差容限的高分辨率準確質量數據。
多重前體離子掃描（PIS）和中性損失掃描（NLS）三重四極桿質譜法基于脂質分析和定量的方法
來自多個PIS/NLS的數據可以使用原生文件格式或標準格式導入SimLipid軟件。用戶可以通過根據生物/技術復制對數據文件進行分類，在SimLipid中對實驗設計進行建模?；趖arget fatty acyls/head group fragment ions或其中性損失的脂質鑒定以批處理模式進行。
SimLipid能夠量化對應于MS光譜上觀察到的峰的脂質。量化是通過根據所選內標的觀察強度對強度值進行歸一化來完成的。該程序有助于將內源性/外源性脂質規范為內部標準。為了能夠從低分辨率光譜中定量脂質，SimLipid校正了同位素重疊的強度。這有助于準確量化生物混合物中的脂質。量化數據以及其他信息（例如峰m/z、分子式、不同樣品中的校正、未校正和歸一化強度）可以導出為與電子表格兼容的.csv和.xls格式。
LC MS和LC-MS/MS高通量數據處理
SimLipid處理LC-MS和MS/MS數據以進行峰檢測、平滑、色譜解卷積、峰去同位素和分子特征查找。該程序將檢測到的峰值m/z值與相應的MS/MS光譜對齊，從而能夠使用來自MS和MS/MS數據的前體和產物離子數據識別脂質結構。
圖 3：使用MPIS/NLS QqQ MS方法數據的SimLipid軟件脂質分析和定量工作流程示意圖
SimLipid還有助于對從不同生物樣品中鑒定的脂質進行比較和定量分析。使用RANSAC技術，根據保留時間、m/z值、觀察到的強度和電荷狀態的一致性，對從不同峰列表中檢測到的峰進行對齊。至多可以對齊200個峰值列表，結果可以導出為HTML、CSV和MS Excel格式。
SimLipid軟件提供LC-MS峰列表的單一工作臺視圖；在實驗性LC-MS運行中確定的脂質列表；在特定保留時間鑒定的脂質結構；數據庫中已識別脂質的相關信息；和總離子色譜圖，在已識別脂質的保留時間處帶有垂直條。
圖 4：SimLipid軟件的典型圖形用戶界面：LC-MS峰列表的單一工作臺視圖、在保留時間點識別的脂質列表、在選定保留時間點的脂質結構以及帶有垂直線的樣品色譜圖表示顯示的脂質結構的保留時間點。
鑒定脂質的質譜注釋
SimLipid使用脂質注釋質譜，并為MS、MS/MS以及MSE識別碎片離子。這有助于通過突出顯示與產品數據庫中的理論脂質結構相匹配的實驗m/z值來解釋質譜。
注釋的質譜可以調整/重新調整大小以適合頁面或基于感興趣的區域。用戶可以使用鼠標光標或通過指定m/z范圍來放大/縮小到特定的繪圖位置。此外，用戶可以將到注釋的光譜導出為可包含MS PowerPoint中的圖像（PNG和JPEG格式），從而促進研究小組之間的信息共享。
圖 5：SimLipid軟件的典型圖形用戶界面：已識別脂質TG(56:3) 的注釋MS/MS光譜。光譜中觀察到的兩個強峰分別對應于結構的特有脂肪酸鏈的特征離子18:1和20:1。
生成報告
分析質譜數據后，用戶可以從50,000個MS和MS/MS配置文件中生成HTML、csv和MS Excel格式的目標導向報告。用戶可以將SimLipid設置為在執行分析后自動啟動報告?？梢陨傻膱蟾嬗糜冢?/p>
Profiled MS Spectra：可以為生物標志物研究生成不同生物樣品中存在的異質脂質豐度的比較分析。
MS和MS/MS數據：報告顯示與在MS搜索中通常遇到的前體m/z值相對應的誤報，以及在子離子數據分析期間識別的脂質的概率分數。這樣的報告是通過結合MS脂質譜及其互補的MS/MS或MSE脂質譜生成的。
多個數據集：一份報告，其中包含對從不同離子模式和加合物中獲得的不同MS或MS/MS光譜分析的脂質進行比較分析。
Retention Time：該報告使用戶能夠通過根據保留時間對齊MS/MS曲線來研究在可變離子模式下采集的MS/MS光譜中觀察到的碎片離子。這提供了一個工作流程解決方案，用于識別屬于GP、SP、GL等類別的未知脂質的結構，其中對應于脂肪酸鏈的診斷離子在陰性光譜中被觀察到，而對應于head group的診斷離子在陽性離子光譜中被觀察到。
圖 6：使用導出到MS excel文件的MS/MS數據識別的脂質。
數據庫搜索
您還可以通過脂質縮寫/通用名稱、質量、化學成分或脂質ID搜索感興趣的脂質結構。
系統要求：
| 對于Windows | 需要 | 推薦 |
| CPU | Core i3 | 更高 |
| 內存 | 8GB | 16GB |
| 硬盤空間 | 25GB可用硬盤 | 更高 |
| 屏幕分辨率 | 1024×786 | >1024×768 |
Windows支持的平臺：Vista/Windows 7/Windows 8/Windows 10
