SimGlycan | 聚糖和糖肽MS/MS數據分析工具

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產品報價： ￥10000元

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產品熱度：加載中

品　　牌：SimGlycan

產品型號：聚糖和糖肽MS/MS數據分析工具

適用范圍：高教 職教

所在地區：

溫馨提示：需求數量不同，價格不同。請聯系我們，確認當前新的報價！

SimGlycan是一款MSⁿ數據分析軟件。它預測聚糖結構，對其進行評分并生成與給定MS譜密切匹配的可能聚糖列表。支持糖肽和釋放的聚糖譜。

SimGlycan根據MS/MS和多級質譜 (MSⁿ) 數據預測聚糖的結構。此外，使用LC-MS/MS糖肽數據分析糖肽的支持有助于糖基化研究。SimGlycan接受實驗性MS/MS數據，將它們與自己的數據庫進行匹配，結果生成排序的候選結構列表。每個候選者的等級表示候選結構和實驗聚糖之間的接近度。排名是根據穩健的評分機制計算的，該機制考慮了在實驗MS/MS光譜中觀察到的結構特異性診斷離子以及觀察到的峰的強度。

SimGlycan還支持異構體分化的多級質譜 (MSⁿ) 數據分析。

SimGlycan特點：

強的聚糖和糖肽數據庫

SimGlycan數據庫是一個大型關系數據庫，包含9,964種聚糖、22,814種糖蛋白*、6,826種已知生物來源的聚糖和5,874種已知類別的聚糖。隨著更多聚糖信息的發布，該數據庫會不斷更新。

支持MALDI MS/MS和LC-MS/MS工作流程

支持H、Li、Na、Mg²⁺、K、HCOO^-和NH4⁺等不同的加合物以及Na+H、Li+H等加合物組合，以及基于不同的可擴展 MS/MS碎片模式儀器設置，SimGlycan可以分析糖肽和釋放聚糖的MALDI和LC-MS/MS數據，這些聚糖是未衍生化、全甲基化和還原端修飾的，而不會影響分析結果。

數據輸入文件格式

SimGlycan可以直接自動加載由SCIEX（TripleTOF^TM5600系統、TOF/TOF 5800、4800 Plus MALDI TOF/TOF^TM分析儀、4000 QTRAP^?和QSTAR^?Elite系統）的質譜儀產生的輸入數據文件。Agilent Technologies（Agilent 6200系列TOF LC/MS和Agilent 6500系列Q-TOF LC/MS系統），Bruker Corporation（ultrafleXtreme^TM MALDI TOF/TOF, ultraflex^TM MALDI TOF/TOF, autoflex^TMTOF和TOF/TOF, maXis^TM UHR-TOF, micrOTOF^TM, micrOTOF-Q^TM, solariX^TM Qq-FTMS和amaZon^TM離子阱系列），Thermo Scientific^TM（LTQ FT Ultra、LTQ Velos、LTQ XL、LTQ Orbitrap Discovery、LTQ Orbitrap Velos、LTQ Orbitrap XL、MALDI LTQ Orbitrap、Orbitrap Elite, Q Exactive和Thermo Scientific^TMOrbitrap^TMFusion^TMTribrid質譜儀和Thermo Scientific^TMQ Exactive^TM混合四極桿-Orbitrap質譜儀）和Waters公司（SYNAPT G2 HDMS、SYNAPT G2 MS、Xevo G2 QTof、Xevo QTof MS、Xevo TQ MS和Xevo TQ-S平臺）。使用mzData和mzXML格式支持其他質譜儀。此外，SimGlycan也接受手動輸入、TXT和XLS文件格式。不管你的儀器是什么的，都可以用第三方工具將輸出結果轉換為這些格式。

TMT定量*

SimGlycan現在支持基于質譜的定量糖學工作流程，使用aminoxyTandem Mass Tags (TMT)。aminoxyTMT6試劑能夠有效的對聚糖進行相對定量，提高標記聚糖的電離效率，從而提高分析通量。通過測量來自相應MS/MS光譜的報告離子峰強度來量化聚糖。用戶可以指定小至0.0001的容差。提取峰強度后，調整氨氧基TMT報告離子信號以說明每種TMT變體中的同位素雜質。用戶可以選擇全部聚糖譜匹配中的總和/平均/中值報告離子強度作為聚糖的數量。各種圖表，如條形圖、點圖等。

多級質譜（MSⁿ）數據分析

SimGlycan包括對執行多級/序列質譜 (MSⁿ) 數據分析的支持。MSⁿ是一種對來自MS/MS（或前級MS）的產物離子進行重碎裂的技術，是解決異質性、分支模式和同壓寡糖結構的有效技術之一。它允許區分具有相似特征片段模式的聚糖，這些片段模式在MS/MS光譜中無法區分。隨著MS (n)水平的增加，生成的片段變得具有結構特異性，這有助于解析同量異位寡糖或對選定結構進行詳細表征。

糖肽定性分析

很多質譜儀允許在化合物從在線分離系統中洗脫時捕獲MS/MS 數據。這種LC-MS/MS方法會生成很大的數據集，需要復雜的信息學工具在色譜分離過程中分配糖肽結構。這將提高分析效率并提供更深入的質譜糖蛋白組數據分析。SimGlycan現在支持識別復雜混合物的糖肽，這些混合物由LC分離并由MS/MS在批處理模式下檢測。SimGlycan將使用第三方工具識別的蛋白質ID、蛋白質序列或肽序列作為初始輸入。SimGlycan識別可能的聚糖-肽組合，并根據MS/MS數據中觀察到的峰對它們進行排序，這些峰對應于理論糖肽中的診斷離子?？梢苑治鼍哂?到20 ppm和0.1到2000 milli Dalton (mDa) 之間誤差容限的高分辨率準確質量數據。

項目管理

SimGlycan提供項目管理，將結果與輸入配置文件和搜索參數相關聯。您可以打開任意數量的項目。用戶可以在一個項目中導入20,000個光譜。項目可以根據來源、實驗室或研究目標進行分類。這很關鍵，尤其是在進行大規模聚糖分析項目時。您可以通過單擊按鈕訪問聚糖相關信息。與基于Web的應用程序不同，SimGlycan將其保存在您自己的計算機上。

可用信息包括：

聚糖結構：顯示聚糖的分子結構（碳水化合物序列）。

Glycan Fragments：使用Domon Costello碎片規則顯示命名法、結構、m/z值和質量。為每個片段分配一個序列號。

i) 糖苷片段：顯示單個糖苷和糖苷/糖苷片段。

ii) 交叉環片段：顯示單個交叉環和糖苷/交叉環片段。

糖肽結構：顯示肽序列和蛋白質糖基化位點以及聚糖結構。

注釋質譜并生成報告： SimGlycan可以使用cartoons或Domon-Costello命名法對質譜進行注釋。還描繪了片段的電荷狀態。

導出帶注釋的峰列表：用戶可以將全部搜索結果的帶注釋的峰列表從20,000個MS/MS光譜導出到單個項目報告。用戶可以在帶注釋的峰列表中只包含匹配的片段或同時包含匹配和不匹配的片段。

繪制聚糖

SimGlycan使用戶能夠繪制和編輯聚糖和糖肽結構。只需單擊按鈕，即可添加或刪除單糖、肽鏈或HSO 3、Etn等取代基，并可修改分支點和異頭連接。在每一步，繪制結構的碎片化使用戶能夠比較實驗數據和理論數據，使用戶能夠查看他的修改是否使理論聚糖更接近實驗數據。此功能很大地有助于解析糖鏈結構，尤其是當目標糖鏈的數據尚不可用時。

質譜解釋

軟件通過突出顯示與理論碎片相匹配的實驗m/z值來幫助解釋質譜，并生成描述連續單糖單元損失的注釋光譜。這有助于研究人員建立分支模式并驗證聚糖的基本單元。每個峰都可以使用cartoons或Domon Costello命名法來表示。如果碎片是多電荷的，也會顯示碎片的電荷狀態。

SimGlycan能夠生成帶注釋的質譜，以適合頁面或基于感興趣的區域。它還會將其導出以與您的同事分享發現。

簡單的界面使您能夠放大特定的繪圖位置，指定m/z范圍以顯示特定的繪圖部分，還可以將繪圖作為圖像文件導出到MS PowerPoint，以便發布結果并與同事共享信息。

Cartoons是使用標準的單糖功能糖組學（CFG）命名法構建的（在CFG注釋不可用的情況下使用自定義符號）。您可以同時繪制全部類型的糖苷片段，同時以符號表示格式注釋光譜。

*此功能在SimGlycan企業版中可用。

SimGlycan企業版

SimGlycan企業版現已推出。如果您使用的是私人定制數據庫或專有數據，企業版是您正在尋找的解決新型聚糖的安全工具。您可以從數據庫中添加或刪除聚糖結構，或創建您自己的子數據庫以縮小搜索范圍，直接從您的工作站方便。多個聚糖的結構信息可以存儲在一個文件中并添加到數據庫中，從而節省時間。

系統要求：

Windows 支持的平臺：Vista/Windows 7/Windows 8/Windows 10/Windows 11