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GlycanExplorer是一種高通量生物治療性聚糖表征軟件工具。配備in-silico片段和HRAM糖譜數據庫，軟件可以高精度識別可能的糖鏈結構。
GlycanExplorer是用于生物治療性聚糖表征和定量的一站式軟件解決方案。借助預加載的高分辨率準確聚糖譜數據庫，該軟件可讓您有信息識別可能的聚糖結構。廣泛的數據組織以及交互式圖表有助于實現聚糖樣品的詳細分析，這進一步有助于得出有意義的生物學理論。
GlycanExplorer主要功能：
HRAM糖譜庫
GlycanExplorer可容納來自各種治療性糖蛋白的內置HRAM糖譜庫，這些糖蛋白用熒光團標記，例如2-氨基苯甲酰胺（2-AB）、Rapi Fluor-MS、普魯卡因胺（ProcA）等。
該軟件包含各種單克隆抗體（mAb）變體（Cetuximab, Ipilimumab, Infliximab, Pertuzumab, Golimumab, Nivolumab, and NIST mAb）和其他糖蛋白（例如Apotransferrin, Orosomucoid, Ovalbumin, RNaseB等）的光譜庫。
創建光譜庫
除了內置數據庫外，GlycanExplorer還允許您創建您感興趣的聚糖的光譜數據庫。您可以導入多個糖鏈結構，指定它們的實驗細節，存儲多個質譜（MS1和MS/MS）及其相關的色譜信息。為幫助您創建高分辨率糖鏈質譜庫，該軟件還允許您根據導入質譜的單個或多個參考離子校準前體和產物離子?？梢园凑找韵驴焖俨襟E創建光譜數據庫：
1. 在單個文本文件（示例KCF文件、示例序列文件）中收集構成聚糖結構的KCF（Kegg化學功能）內容/序列。
2. 指定數據庫名稱、描述并使用KCF/Sequence文件導入聚糖結構。
3. 指定儀器詳細信息、聚糖特定實驗詳細信息（電離技術、碎片化技術、還原末端熒光團等）和樣品入口詳細信息（直接注入或分離）。
4. 導入多糖異性MS1和MS/MS譜圖，指定離子種類信息，并通過與多糖特異性in-silico碎片匹配來注釋光譜片段。
5. 一旦成功注釋，光譜將被保存并進一步用作報告候選聚糖結構的參考光譜。
的LC-MS峰值拾取和校準
GlycanExplorer具有強且的LC-MS和LC-MS/MS數據處理算法，用于檢測LC峰，并隨后從原始數據中發現分子特征。該算法可以準確的檢測LC化合物及其同位素包絡線。該算法有助于準確分配前體m/z值和MS/MS掃描的電荷狀態。它還使您能夠提交質量列表以進行峰檢測和挑選。此功能顯著降低了復雜生物樣品中低豐度化合物無法檢測到LC峰的可能性。
如果您的目標生物樣品有多個技術重復，GlycanExplorer允許您在指定的m/z和保留時間容差內將全部相應技術重復中的樣品檢測峰對齊。此功能可幫助您找到全部重復中普遍檢測到的有效峰并丟棄不一致的峰。
主要特征：
1. 一種強的峰檢測算法，具有可編輯的參數，例如m/z容差、降噪、峰寬、包括提交質量列表的工具。
2. 自動平滑和色譜解卷積。
3. 同位素包膜的識別。
4. 準確分配MS/MS光譜的前體m/z和電荷態。
5. 查看和導出不同的色譜圖（總離子色譜圖、提取離子色譜圖、基峰色譜圖）。
6. 靈活的MS/MS簇算法。
7. 使用用戶指定的m/z和保留時間公差進行峰對齊。
可靠的高通量聚糖鑒定
GlycanExplorer支持多種糖鏈分析工作流程，幫助您有信心識別糖鏈結構。
使用來自實驗MS1數據、離子種類和其他實驗信息的化合物的準確質量，該軟件可以可靠的預測候選聚糖結構。
該軟件還可以通過將實驗產物離子（來自MS/MS掃描）與其數據庫中可用的聚糖特異性in-silico碎片匹配，準確預測候選聚糖結構。
借助內置或自定義創建的高分辨率準確質量（HRAM）糖鏈譜庫，該軟件允許您通過比較實驗MS/MS譜圖與參考譜圖來識別可能的糖鏈。
該軟件引入了一種特有的糖鏈結構報告機制，結合了in-silicp模擬和光譜模式匹配搜索方法的可信度。此工作流程先通過將實驗MS/MS片段與聚糖特異性in-silico碎片匹配來識別候選聚糖，然后將這些實驗光譜與HRAM參考光譜庫進行比對。
主要特征：
1. 適應MS1和基于MS/MS的聚糖鑒定的工作流程，用于直接輸注、LC、MALDI-MS/MS工作流程生成的數據。
2. 支持全部主要的還原端熒光團，如2-氨基苯甲酰胺（2-AB）、2-氨基苯甲酸（2-AA）、GlycanWorks RapiFluor-MS、普魯卡因胺（ProcA）等。
3. 一次性分析多種離子組合的數據。
4. 為高可信度聚糖鑒定設置閾值分數的工具。
5. 多個過濾器以減少誤報。
實時優化
在實驗室研究中，實時優化對于糾正錯誤并在相當短的時間內實現預期輸出是必要的。GlycanExplorer為您提供了使用一組優化的搜索條件（例如異構分組的保留時間容差、聚糖分組、標準化策略等）對數據集重新運作分析的功能，而不會覆蓋先前分析的結果。因此，您可以分析在不同參數集下獲得的結果，以快速得出有意義的推論。此外，GlycanExplorer允許您生成交互式圖表和繪圖以查看分析的輸出，并優化適合您的數據的搜索參數。
主要特征：
1. 多個參數微調優化的搜索結果。
2. 交互式圖表和繪圖以查看參數。
3. 將優化后的參數集保存為新方法以備將來使用。
帶注釋的色譜圖和質譜圖
GlycanExplorer通過生成帶注釋的色譜圖和光譜圖幫助您查看數據。它顯示全部三個色譜圖，總離子色譜圖（TIC）、基峰色譜圖（BPC）、提取/選擇離子色譜圖（XIC/SIC），并標注了聚糖組成和保留時間。如果生物樣品有多個技術重復，軟件也會顯示疊加色譜圖。
為了直觀的驗證報告的候選聚糖結構的準確性，軟件會顯示帶注釋的質譜和鏡像圖。
GlycanExplorer有一個專用的Spectrum面板，可顯示已識別聚糖的詳細信息以及它們的實驗色譜信息。
主要特征：
1. 帶有明確定義的同位素體和聚糖結構的注釋MS1譜圖。
2. MS/MS譜圖用特定結構的特征離子和聚糖結構進行注釋。
3. 鏡像圖顯示MS/MS光譜數據庫搜索的效率。
4. 豐富的數據和顯示參數生成您選擇的色譜圖或質譜圖。
5. 顯示詳細的聚糖信息和相應的實驗和色譜細節。
結果的顯示和多糖圖譜
GlycanExplorer提供分層數據組織模型。它顯示對齊的峰列表，可以進一步逐步擴展以查看生物樣本、它們的技術復制和相應的同位素體。該軟件報告識別的聚糖結構及其成分。
對于每組搜索結果，該軟件允許您微調參數并實時比較輸出，幫助您找到適合您的樣本數據的優化參數組。
該軟件可生成頻率表、離子豐度表、交互式條形圖和餅圖，覆蓋您的數據。
主要特征：
1. 豐富的分層數據組織，可依次展開查看全部樣本和重復信息。
2. 頻率表和離子豐度表提供樣品中聚糖的定量匯總。
3. 交互式條形圖和餅圖有助于可視化樣品的聚糖譜。
GlycanExplorer工作流程：
使用MS1 Spectra對N-聚糖進行高通量分析
GlycanExplorer支持使用MS1光譜對衍生和天然（游離還原端）聚糖樣品進行N-聚糖分析。支持的衍生方法是全甲基化和熒光團標記的還原末端修飾。作為先決條件，用戶須創建包含精選N-聚糖結構的自定義數據庫，保存實驗信息（如儀器詳細信息、電離技術、衍生化、還原末端熒光團），并存儲特定結構的MS1光譜。
該軟件接受實驗前體質量、離子種類、還原末端熒光團信息作為輸入，并在用戶指定的質量容差內使用準確質量搜索報告候選聚糖結構。GlycanExplorer可在一次搜索運行中識別多個加合物組合的可能聚糖結構，從而節省重復分析所花費的時間。具有低delta質量的聚糖得分高，并分配給感興趣的化合物。
數據庫搜索完成后，軟件會自動生成一個質譜，對已識別的LC化合物的每個同位素體進行注釋。還可以生成包含已識別聚糖結構的便攜式Microsoft Excel報告。
主要特征：
1. 的LC-MS峰檢測和選擇。
2. 詳細的數據庫搜索參數和過濾器。
3. 一次執行多個加合物組合的數據庫搜索。
4. 顯示帶有注釋的LC-化合物同位素體的MS1譜圖。
5. 便攜式Microsoft Excel報告生成。
使用MS/MS Spectra對N-聚糖進行高通量分析
GlycanExplorer可以使用MS/MS數據有效識別糖鏈，用于直接輸注、LC-、MALDI-MS/MS工作流程生成的天然（游離還原端）和衍生糖鏈樣品。支持的衍生方法是全甲基化和熒光團標記的還原末端修飾，例如2-氨基苯甲酰胺 (2-AB)、2-氨基苯甲酸 (2-AA)、GlycoWorks Rapi Fluor-MS、普魯卡因酰胺 (ProcA) 等。該軟件接受實驗數據并生成候選峰列表（用于LC-MS和 MS/MS數據），進一步進行MS/MS數據庫搜索以報告候選聚糖結構?？梢詫С鏊阉鹘Y果以及Microsoft Excel文件中的聚糖結構，以便于共享。
該軟件適用于三種不同類型的MS/MS數據庫搜索方法：
in-silico Fragment Matching：在這種搜索方法中，軟件通過將實驗產物離子與指定目標數據庫中可用的聚糖特異性in-silico片段進行匹配來報告候選聚糖結構。
譜圖匹配：借助內置或自定義創建的高分辨率準確質量 (HRAM) 糖鏈譜庫，該軟件允許您通過比較實驗MS/MS譜圖與參考譜圖來識別可能的糖鏈在目標數據庫中可用。
in-silico Fragment和Spectral Pattern匹配的組合：GlycanExplorer引入了一種特有的聚糖結構報告機制，結合了in-silico和光譜模式匹配搜索方法的可信度。工作流程識別候選聚糖，先通過將實驗MS/MS片段與聚糖特異性in-silico片段匹配，然后將這些實驗光譜（報告具有高于指定閾值的in-silico方法的聚糖結構）與HRAM參考光譜庫。
主要特征：
1. 導入Thermo Scientific原生 .raw 文件格式并分配樣本和重復。
2. 的LC-MS峰檢測和選擇。
3. 用于指定詳細數據庫搜索參數和過濾器的專用窗口。
4. 可以一次性使用多個加合物組合進行數據庫搜索。
5. 顯示帶注釋的MS/MS譜圖以及糖鏈結構。
6. 便攜式Microsoft Excel報告生成。
系統要求：
| 對于Windows | 需要 | 推薦 |
| CPU | Intel Core i5 | i5 / i7 |
| 系統類型 | 64位 | 64位 |
| 內存 | 16GB或更高 | 32GB |
| 硬盤空間 | 1TB | 1TB或更高 |
Windows 支持的平臺：Windows 7/Windows 8/Windows 10/Windows 11
