許多物料如石油重渣油、化學藥品、藥物、天然食品、保健品及脂肪酸等，常常是熱敏性的、粘滯的及或具有高沸點的物料。要把這些混合物料中某個或某些組分從混合物中分離出來，而保持產物的質量和原有品質，只有在低的沸騰溫度甚至不到沸騰溫度下蒸餾，且只能在很短的時間里，把熱分解作用或聚合作用減到小，以消除對產品的破壞，分子蒸餾裝置非常適合上述物料的分離。
