各種QM和MM代碼的各種接口，包括GAMESS-UK，MNDO，TURBOMOLE，GAUSSIAN，Molpro，DL_POLY，CHARMM，GULP，DMol3，Orca，NWChem，和GROMOS。
以上代碼可用于混合QM/MM耦合方案的計算。ChemShell中使用的耦合模型有力學嵌入，靜電嵌入，殼模型勢固態嵌入方案(GAMESS-UK + GULP)。
一系列幾何優化方法，包含線性標度離域坐標算法。
MD驅動，加入NVE，NVT，NPT，和MC積分，剛體運動（四元數），距離和其它束縛（SHAKE）。
工具程序：內坐標定義和操作；勢能曲面繪圖；有限差分振動頻率；傘形取樣和復勢能曲面掃描的束縛；從某些不支持ESP和RESP電荷的QM代碼求解該電荷；BABEL工具進行外部文件格式的輸入/輸出；分子結構及數據的圖形顯示（用CCP1 GUI）。
