2017年9月18日，在第十六屆人類蛋白質組學年度世界大會(HUPO)上，Bruker推出了用于PASEF質譜的timsTOF Pro系統。該質譜采用了專有捕獲離子遷移譜(TIMS)技術，能實現更高速度、更高靈敏、更強大的鳥槍法蛋白質組學分析，具有出色的單次肽和蛋白質鑒定性能。
基于TIMS創新技術的四極桿飛行時間質譜儀(QTOF-MS)由MaxQuant / Perseus和PEAKS Studio蛋白質組學分析軟件支持，這種timsTOF Pro方法對于定量蛋白質組學工作流程尤其有利。
從較小樣品量的識別性能方面，這種獨特的前端TIMS分析儀對更高速度的鳥槍法蛋白質組學進行了優化。其獨特的雙TIMS幾何形狀允許離子在第一個TIMS部分中并行累積，并且在實時執行額外的TIMS分離步驟之后，離子從第二個TIMS部分釋放出來，用于MS / MS碎裂。這可以產生近100%的占空比，使得這種平行堆積和連續碎裂(PASEF)技術在酶促消化產生的蛋白質混合物中，應用可重復納流LC-MS分析可以具有前所未有的性能。
PASEF能力代表了性能的改進，因為它提供更高靈敏度和更高速度的鳥槍法蛋白質組學分析，而不損失質量分辨率。而之前，更高的掃描速度通常導致用于鳥槍法蛋白質組學的基于FT的質譜技術具有較低質量分辨率。這些臨界限制可以由PASEF消除，允許以高靈敏度以及接近100%的占空比，同時還可以保持前體和產物離子的超高質量分辨率。雙TIMS技術這一重要PASEF功能，有助于科學家們深入研究細胞復雜生物學以及發現重要低水平生物學蛋白。同時，這一功能也有助于蛋白質翻譯和臨床蛋白質組學研究中的驗證和縱向研究。
定量蛋白質組學是蛋白質組學研究的關鍵領域，雙重TIMS供電的PASEF提供了超越傳統門控時間串聯FT的質譜分析局限性的優勢。新的timsTOF Pro提供超過四個數量級的動態范圍，低肽負載(100-200ng)，這使得它非常適合于研究細胞生物學和臨床中經常遇到的小細胞群體和低樣品量的蛋白質組學。
德國馬丁斯堡的馬克斯·普朗克生物化學研究所蛋白質組學和信號轉導系主任馬蒂亞斯·曼(Matthias Mann)表示：“我的實驗室與布魯克合作開發PASEF技術，我們很高興看到timsTOF Pro實現我們最初設想的鳥槍法蛋白質組學的潛力。這種新技術有可能革新蛋白質組學的幾個領域：臨床研究，其中速度和定量能力是運行大樣本隊列的關鍵;需要增加靈敏度的應用;富含磷酸肽或其中有限數量的細胞可用于分析的樣品;并且對于使用等壓標記的定量實驗，其中使用捕獲的離子遷移率的額外分離可以至少部分地消除引起所謂的比例壓縮效應導致不可接受的誤差的共分裂物質的干擾。我們對技術進一步發展的潛力感到非常興奮。“
Bruker Daltonics的Omics解決方案副總裁Gary Kruppa表示：“蛋白質組學研究人員總是希望提高速度，靈敏度和定量能力，同時保持高分辨率，準確的質量和高保真度同位素圖案，以便更深入地了解蛋白質組。使用PASEF，科學家們現在不需要將掃描速度和敏感度的解決方案進行權衡，它們通過TIMS前體離子選擇獲得高靈敏度，高掃描速度和無與倫比的特異性這三重效果。這提供了發現低水平生物相關蛋白質的可能性，目前它們是超出了非TIMS質譜儀的性能范圍的。“
馬丁·馬克斯普朗克生物化學研究所計算系統生物化學小組組長Juergen Cox評論說：“Bruker決定采用開放文件格式，以便我們可以直接使用原始數據，將有利于蛋白質組學研究人員的使用MaxQuant和Perseus軟件平臺。我們對數據質量特別重視，并期待與Bruker合作，通過最先進的客戶支持軟件和分析統計查詢，我們可以使用PASEF在timsTOF Pro上獲取數據。“
