免疫共沉淀(Co-Immunoprecipitation)是以抗體和抗原之間的專一性作用為基礎的用于研究蛋白質相互作用的經典方法。是確定兩種蛋白質在完整細胞內生理性相互作用的有效方法。
當細胞在非變性條件下被裂解時，完整細胞內存在的許多蛋白質-蛋白質間的相互作用被保留了下來。當用預先固化在argarose beads上的蛋白質A的抗體免疫沉淀A蛋白，那么與A蛋白在體內結合的蛋白質B也能一起沉淀下來。再通過蛋白變性分離，對B蛋白進行檢測，進而證明兩者間的相互作用。
優點：
1.于天然狀態下相互作用的蛋白質。
2.蛋白的相互作用是在自然狀態下進行的，可以避免人為的影響。
3.分離得到相互作用蛋白的天然符合物。
缺點：
1.低親和力和瞬間的蛋白質-蛋白質相互作用可能檢測不到。
2.兩種蛋白質的結合可能有第三者參與，而非直接結合。
實驗前預測可能的結合蛋白非常重要，以此選擇最后檢測的抗體，若預測不準確，實驗就得不到結果，方法本身存在風險
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