對于抑制型(雙柱型)離子色譜系統，抑制系統是極其重要的一個部分，也是離子色譜有別于高效液相色譜的最重要特點。抑制器的發展經歷了多個發展時期，而目前商品化的離子色譜儀亦分別采用不同的抑制手段及相關研究成果。
一、樹脂填充抑制柱
該抑制系統采用高交換容量的陽離子樹脂填充柱(陰離子抑制)，通過硫酸，將樹脂轉化為氫型。它抑制容量不高，需要定期再生，而且死體積比較大，對弱酸根離子由于離子排斥的作用，往往無法正確定量。
這類抑制器目前已經基本不用，但美國Alttech公司將這類抑制器加以改進，使填充柱需要再生時會變色，并采用電化學法再生，大大改進了傳統的方法，進步了抑制器的性能。
陽離子抑制的情況與此正好相反，它采用高交換容量的陰離子樹脂作填充柱。
二、纖維抑制器
這種抑制系統采用陽離子交換的中空纖維作為抑制器，外通硫酸作為再生液，可連續對淋洗液進行再生，這種抑制器的死體積比較大，抑制容量也不高。
三、微膜抑制器
這種抑制系統采用陽離子交換平板薄膜，中間通過淋洗液，而外兩側通硫酸再生液。這種抑制器的交換容量比較高，死體積很小，可進行梯度淋洗。
四、電解抑制器
這種抑制系統采用陽離子交換平板薄膜，通過電解產生的H
